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Identifizierung nichtkovalenter niedermolekularer Wirkstofftargets basierend auf Photoaffinitätssonden
Technische Plattform
Die auf Photoaffinitätssonden basierende Zielidentifizierungsplattform für die chemische Proteomik umfasst mehrere wichtige Schritte, darunter Sondendesign, Synthese, Aktivitätsbewertung, Markierung, Proteinanreicherung und Datenanalyse. Nichtkovalente niedermolekulare Arzneimittel wie synthetische Verbindungen, Kräuterextrakte, Naturprodukte und Metaboliten können in Photoaffinitätssonden umgewandelt werden. Sobald diese Sonden an ihre Ziele in den Zellen binden, bilden sie stabile kovalente Wechselwirkungen, was die selektive Anreicherung und Identifizierung von Zielproteinen mit geringer Häufigkeit ermöglicht.
Unsere Vorteile
1. Technische Exzellenz: Erfahrenes Team, erstklassige Fachzeitschriftenpublikationen und maßgebliche Branchendienstleistungen.
2. Kernpatenttechnologie: Exklusive Patente und fortschrittliche Hardware zur Unterstützung der frühen Arzneimittelentwicklung.
3. One-Stop-Service: Umfasst Sondendesign, Synthese, Zielerkennung, bioinformatische Analyse und zeitnahes Fortschrittsfeedback zur Kundenzufriedenheit.
4. Strenges Qualitätsmanagement: Die ISO9001-Zertifizierung gewährleistet vertrauenswürdige und authentische Berichte.
Unser Service
| Projekt | Identifizierung direkter Ziele für nichtkovalente kleine Moleküle |
| Probe | Rekombinantes Protein, Zelllysat, lebende Zellen, erkranktes Gewebe, Blut, Bakterien, Pflanzengewebe |
| Hardwareplattform | Berührungsloser Ultraschall-Zellpulverisierer, ChemiDoc MP-Bildgebungssystem, Orbitrap Fusion Lumos Tribrid/Orbitrap Exploris 480/Q Exactive HF-X/timsTOF Pro 2 Massenspektrometer |
| Projektdauer | 4-8 Wochen |
| Leistungen | Projektbericht (einschließlich experimenteller Verfahren, Datenanalysediagramme, Ergebnisse der bioinformatischen Analyse) |
Fallstudie
Während des Wirkstoff-Screening-Prozesses unter Verwendung der Zelllebensfähigkeits-Screening-Technologie wurde festgestellt, dass Verbindung A erhebliche hemmende Wirkungen auf Zielzellen ausübt. Um seine Zielproteine auf molekularer Ebene weiter zu identifizieren, seinen Wirkungsmechanismus zu entschlüsseln und potenzielle neue Ziele zu erkunden, hat unser Unternehmen die photoreaktive Sonde Probe A (mit photoreaktiven und bioorthogonalen Gruppen) basierend auf der Struktur und den Aktivitätseigenschaften von Verbindung A entwickelt und synthetisiert. Unter Nutzung der Technologieplattform der chemischen Proteomik verwendeten wir Fluoreszenzmarkierungs- und Massenspektrometrietechniken zur Identifizierung von Zielproteinen in Zelllinien, die für die Aktivität relevant sind. In Kombination mit bioinformatischen Analysemethoden haben wir uns tiefer mit dem Wirkmechanismus von Verbindung A und den damit verbundenen neuen Zielproteinen befasst.
Basierend auf der Fluoreszenz-Gelanalyse des Markierungsexperiments markiert Sonde A effektiv Proteine, und das Markierungssignal kann durch Verbindung A erheblich konkurriert werden. Dies weist darauf hin, dass Sonde A eine ähnliche Zielabdeckung wie Verbindung A aufweist, was sie zu einem geeigneten chemischen Sondenwerkzeug für macht anschließende Zielerkennung.
Das Volcano-Diagramm veranschaulicht die Ergebnisse des Experiments Sonde A vs. DMSO (direkt), bei dem 114 Proteine (im oberen Diagramm rot hervorgehoben) durch Sonde A signifikant angereichert wurden. Im Experiment Sonde A vs. (A+Probe A) (Wettbewerb) Im Experiment wurden 38 Proteine (im unteren Diagramm rot hervorgehoben) durch Sonde A markiert und durch die ursprüngliche Verbindung A deutlich konkurriert. Diese beiden Experimente erzeugten 32 Proteine mit hoher Konfidenzbindung an Verbindung A (n = 3, Verhältnis ≥ 2, p-Wert ≤ 0,05). Die GO Biological Pathway-Analyse der 32 Proteine mit hoher Bindungswahrscheinlichkeit an Verbindung A ergab eine signifikante Anreicherung von Signalwegen wie Phospholipid-Efflux, negative Regulierung der Lipaseaktivität und Regulierung des Steroltransports, was mit dem Phänotyp übereinstimmt.
