Ähnlich wie bei nichtkovalenten Arzneimitteln wurde die direkte Pulldown-Strategie unter Verwendung chemischer Sonden, die mit Reportergruppen funktionalisiert sind, auch für kovalente niedermolekulare Arzneimittel erfolgreich demonstriert.Es ist jedoch zu beachten, dass einige kovalente Arzneimittel aufgrund des Verlusts der Bioaktivität oder der Unzugänglichkeit für die Synthese chemische Modifikationen nicht vertragen.Darüber hinaus ist die gebildete kovalente Bindung während der MS-Detektion normalerweise instabil.
Die kompetitive chemoproteomische Strategie ist eine ideale Alternative, die eine universelle aktivitätsbasierte Sonde zur Proteinmarkierung verwendet.Es wurden spezielle chemische Sonden entwickelt, die mit Cystein-, Lysin-, Serin- und Histidinresten reagieren.Im Prinzip kann der Aminosäurerest, sobald er von einem kovalenten kleinen Molekül besetzt ist, nicht mehr durch die Sonde markiert werden.Dadurch konnten die ON- und OFF-Targets durch diese kompetitive Strategie mit der Aminosäureauflösung umfassend identifiziert werden.