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Identificación y análisis de selectividad de objetivos degradadores de proteínas.
En los últimos años, la degradación dirigida de proteínas (TPD) ha surgido como una estrategia terapéutica innovadora destinada a modular la enfermedad interviniendo en la expresión de proteínas mediante moléculas de fármacos. Entre estos enfoques, la proteólisis dirigida a quimeras (PROTAC) ha atraído una atención significativa. El concepto de PROTAC fue propuesto por primera vez por Crews et al. en 2001, con la idea central de aprovechar el sistema endógeno de ubiquitina-proteasoma para degradar las proteínas diana, logrando así objetivos terapéuticos. Debido a su alta actividad, capacidad para atacar proteínas "no farmacológicas" y superar la resistencia a los medicamentos, los PROTAC se han convertido en un tema candente en el desarrollo de fármacos, con importantes compañías farmacéuticas como Pfizer, Bayer y Merck involucradas activamente en la investigación y el desarrollo en esta área. .
Además de los PROTAC, existen varias estrategias similares, que incluyen degradadores de pegamento molecular que utilizan el sistema ubiquitina-proteosoma, quimeras dirigidas a lisosomas (LYTAC) que utilizan la vía endosoma-lisosoma, así como quimeras dirigidas a autofagia (AUTAC) y compuestos de fijación de autofagosomas (ATTEC). ) utilizando la vía autofagia-lisosoma. Estos enfoques están allanando el camino para nuevas vías en el tratamiento de enfermedades.
Sin embargo, un criterio de evaluación clave en el desarrollo de tales moléculas es si pueden degradar proteínas diana específicamente sin afectar la abundancia de otras proteínas en la célula. Para lograr este objetivo, la tecnología de proteómica cuantitativa juega un papel crucial. Esta tecnología permite la comparación cuantitativa de la abundancia de la misma proteína en diferentes muestras a nivel de proteoma mediante espectrometría de masas de alta resolución. Actualmente, una estrategia de proteómica cuantitativa comúnmente utilizada implica la introducción de etiquetas de isótopos estables durante la preparación de muestras de péptidos. Durante la detección por espectrometría de masas, los péptidos con la misma secuencia de aminoácidos pero de diferentes muestras exhiben diferentes relaciones masa-carga debido a la diferencia en la masa del marcador isotópico. Por lo tanto, la proporción de iones coeluidos de la misma secuencia peptídica puede reflejar cuantitativamente la abundancia de la misma proteína en diferentes muestras. Esta estrategia no solo mejora la eficiencia de la preparación de muestras y la adquisición de datos de espectrometría de masas, sino que también reduce los errores experimentales entre muestras, lo que hace que los resultados sean más estables y confiables.
Plataforma Técnica
Chomix ha desarrollado una variedad de plataformas tecnológicas de proteómica química cuantitativa. Sus plataformas innovadoras permiten un análisis cualitativo y cuantitativo preciso de más de 5000 proteínas en una sola línea celular, lo que brinda un soporte sólido para un análisis integral de selectividad de objetivos. Tomando el ejemplo de la plataforma de tecnología de proteómica multicuantitativa basada en el etiquetado Tandem Mass Tag (TMT), esta tecnología primero extrae el proteoma completo de muestras celulares tratadas con degradadores de proteínas y luego las procesa mediante digestión enzimática y pasos de etiquetado multicuantitativo antes. siendo mezclados. Para mejorar la profundidad de cobertura del proteoma, la cromatografía líquida generalmente se utiliza para el fraccionamiento previo de muestras de péptidos, seguida de la detección por espectrometría de masas de cada muestra de péptido, analizando así en profundidad las diferencias en la abundancia de proteínas entre muestras y dilucidando información crucial sobre el objetivo y datos de selectividad. Esta plataforma proporciona evaluación y orientación para el desarrollo y optimización de degradadores de proteínas.
Nuestras ventajas
1. Excelencia técnica: equipo experimentado, publicaciones en revistas de primer nivel y servicios industriales autorizados.
2. Tecnología central de patentes: patentes exclusivas y hardware avanzado para respaldar el desarrollo temprano de fármacos.
3. Servicio integral: cubre el diseño de sondas, la síntesis, el descubrimiento de objetivos, el análisis bioinformático y la retroalimentación oportuna del progreso para la satisfacción del cliente.
4. Gestión de calidad rigurosa: la certificación ISO9001 garantiza informes auténticos y confiables.
Nuestro Servicio
| Proyecto | Identificación y análisis de selectividad de objetivos degradadores de proteínas. |
| Muestra | Lisado celular, células vivas. |
| Plataforma de hardware | Pulverizador de células ultrasónico sin contacto, sistema de imágenes ChemiDoc MP, espectrómetro de masas Orbitrap Fusion Lumos Tribrid/Orbitrap Exploris 480/Q Exactive HF-X/timsTOF Pro 2 |
| Duración del proyecto | 3-4 semanas |
| Entregables | Informe del proyecto (incluidos procedimientos experimentales, cuadros de análisis de datos, resultados de análisis bioinformáticos) |
| Precio | Haga clic para consultar |
Estudio de caso
Objetivo del proyecto: Se diseñaron y sintetizaron dos moléculas PROTAC. Las proteínas dentro y fuera del objetivo deben analizarse para comparar la selectividad.
Método experimental: se utilizó el método de MS cuantitativa basado en TMT para el análisis proteómico.
Resultados del proyecto:
Se cuantificaron un total de 5900 proteínas en líneas celulares tumorales y se identificaron objetivos ON y OFF para PROTAC1 y 2 moléculas (espectrómetro de masas Orbitrap Exploris 480, TMT10plex y análisis de datos mediante PD 2.5).
