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Productos

Identificación de bolsas de unión de moléculas pequeñas no covalentes en las células

Características técnicas de la plataforma

Es fundamental determinar el modo de unión entre los fármacos de molécula pequeña y sus objetivos proteicos para la I+D de fármacos.Un análisis exhaustivo de estas interacciones a nivel estructural y fisicoquímico podría profundizar significativamente nuestra comprensión de las funciones de las proteínas y facilitar el diseño y la optimización de fármacos.Las técnicas de biología estructural, incluidos los rayos X, la microscopía crioelectrónica (crio-EM), la resonancia magnética nuclear (RMN), etc., se han utilizado ampliamente en la determinación de los modos de unión de fármacos.Las estructuras de alta resolución de los complejos proteína-fármaco podrían beneficiar enormemente la optimización de las estructuras de los fármacos en la etapa inicial.Sin embargo, el análisis de la estructura de las proteínas ha planteado constantemente desafíos en la investigación de las ciencias biológicas, especialmente para objetivos de proteínas de membrana como los receptores acoplados a proteínas G (GPCR) y las proteínas de los canales iónicos.A menudo consume mucho tiempo y recursos en procesos como la purificación de proteínas, la detección de cristalización de complejos proteína-fármaco y la adquisición y procesamiento de datos.

Un enfoque ideal es identificar modos de interacción proteína-fármaco dentro de las células vivas.Este enfoque no sólo evita los altos costos asociados con los estudios estructurales, sino que también elimina los posibles falsos positivos resultantes de condiciones artificiales como tampones con alto contenido de sal o fármacos saturados.

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Flujo de trabajo

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ChomiX emplea sondas químicas de fotoafinidad derivadas de fármacos de molécula pequeña no covalentes, lo que permite la captura de péptidos marcados ubicados en bolsas de unión de células vivas y su posterior identificación mediante espectrometría de masas.Una vez que se determinan las secuencias peptídicas y los sitios marcados, se podría obtener rápidamente el modo de unión exacto con la ayuda del acoplamiento molecular.

Ventajas técnicas

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Caso de estudio

Objetivo del proyecto

El objetivo putativo del fármaco B es una proteína transmembrana con múltiples bolsas de unión al fármaco.Los métodos biológicos estructurales como los rayos X y la crio-EM fracasaron.Se intentará la estrategia quimioproteómica para conseguir el modo de unión en células vivas.

Método experimental

Se diseñó y sintetizó la sonda de fotoafinidad B que alberga los restos fotoentrecruzados y bioortogonales.En primer lugar se confirmó la participación del fármaco B en el objetivo y se secuenció mediante EM el péptido marcado ubicado en el bolsillo de unión.

Visualización de datos

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Los datos de inmunotransferencia y quimioproteómica basados ​​en EM revelaron que el fármaco candidato puede competir eficazmente por la señal marcada con la sonda, lo que indica la unión directa del fármaco candidato a la proteína diana en las células vivas.

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Espectro MS/MS para péptidos de modificación de fármacos: CLPFIIGCNPTILH*VHELYIR

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Modo de unión de fármacos basado en datos quimioproteómicos basados ​​en MS y acoplamiento molecular


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