Perfiles de todo el proteoma para fármacos de degradación dirigida de proteínas (TPD)

Características técnicas de la plataforma

El fármaco Proteolysis Targeting Chimeras (PROTAC) es una molécula bifuncional que puede unirse a la proteína objetivo y reclutar la ubiquitina E3 ligasa para su degradación.Por lo tanto, modalidades novedosas como PROTAC y el pegamento molecular tienen la capacidad de alterar inadvertidamente la abundancia de proteínas endógenas, lo que proporciona un nuevo método terapéutico para dianas proteicas, especialmente las proteínas no farmacológicas.La cuantificación exhaustiva de la abundancia de proteínas dentro y fuera del objetivo ha sido uno de los experimentos estándar para la I+D de fármacos TPD.

Flujo de trabajo

La plataforma sigue un flujo de trabajo estructurado, que comienza con la extracción del lisado celular, luego realiza la digestión con proteasas, el etiquetado isotópico y finaliza con la detección por espectrometría de masas.

Caso de estudio

Objetivo del proyecto

Se diseñaron y sintetizaron dos moléculas PROTAC.Las proteínas dentro y fuera del objetivo deben analizarse para comparar la selectividad.

Método experimental

Se utilizó el método de MS cuantitativa basado en TMT para el análisis proteómico.

Se cuantificaron un total de 5900 proteínas en líneas celulares tumorales y se identificaron objetivos ON y OFF para PROTAC1 y 2 moléculas (espectrómetro de masas Orbitrap Exploris 480, TMT10plex y análisis de datos mediante PD 2.5).