De nombreux composés actifs à petites molécules, tels que les métabolites, les produits naturels et les molécules médicamenteuses, interagissent de manière dynamique et réversible avec les protéines cibles de manière non covalente. Lorsque les protéines sont inactivées lors d’études in vitro, cela peut perturber leurs interactions de liaison. La technologie de marquage par photoaffinité (PAL) est largement utilisée dans les domaines de l’identification de cibles de petites molécules, de l’imagerie de la distribution cellulaire et du marquage des protéines. PAL est une méthode courante pour capturer de manière covalente les interactions petites molécules-biomolécules. Sous stimulation par la lumière ultraviolette, les groupes photoréactifs sur les sondes chimiques (la classification et les caractéristiques sont indiquées dans le tableau ci-dessous) génèrent des radicaux, des nitrènes ou des carbènes, qui peuvent marquer rapidement et de manière covalente les biomolécules adjacentes. Parmi elles, la structure diazirine est la plus largement utilisée dans les sondes bioorthogonales de photoaffinité à petites molécules en raison de sa forte biocompatibilité, de sa petite structure chimique et de sa vitesse de réaction rapide.

Les produits représentatifs sont les suivants :