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Profilage chimioprotéomique des cibles protéiques pour les médicaments à petites molécules non covalentes
Les interactions non covalentes, telles que les liaisons hydrogène et l'empilement π-π, peuvent être perturbées en raison de la dénaturation des protéines. Pour relever ce défi, la plateforme ChomiX utilise le marquage par photoaffinité, une technique bien établie pour attacher avec précision des « marqueurs chimiques » au site actif d'une protéine. De plus, la stratégie innovante de réticulation chimique in situ de ChomiX transforme les interactions protéiques non covalentes transitoires en liaisons chimiques covalentes et permanentes. En utilisant une sonde chimique fonctionnalisée avec des fragments de photoaffinité et de bioorthogonaux, la plate-forme chimioprotéomique de ChomiX a démontré son efficacité pour détecter avec succès des cibles protéiques dans les lysats cellulaires, les tissus et les cellules vivantes. Le spectre des médicaments bioactifs à petites molécules appliqués dans la plateforme englobe une variété de composés, notamment des métabolites endogènes, des produits naturels et des molécules synthétiques non covalentes.
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Profilage chimioprotéomique compétitif des cibles protéiques pour les médicaments covalents à petites molécules
Semblable aux médicaments non covalents, la stratégie d’extraction directe utilisant des sondes chimiques fonctionnalisées avec des groupes rapporteurs a également été démontrée avec succès pour les médicaments covalents à petites molécules. Cependant, il convient de noter que certains médicaments covalents ne tolèrent pas les modifications chimiques en raison d’une perte de bioactivité ou d’une inaccessibilité synthétique. De plus, la liaison covalente formée est généralement instable lors de la détection MS.
Une stratégie chimioprotéomique compétitive constitue une alternative idéale, qui utilise une sonde universelle basée sur l’activité pour le marquage des protéines. Des sondes chimiques spécifiques se sont développées pour réagir avec les résidus de cystéine, de lysine, de sérine et d'histidine. En principe, une fois occupé par une petite molécule covalente, le résidu acide aminé ne peut plus être marqué par la sonde. En conséquence, les cibles ON et OFF ont pu être identifiées de manière globale grâce à cette stratégie compétitive avec la résolution des acides aminés.
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Découverte chimioprotéomique de nouvelles structures principales pour des cibles non médicamenteuses
Découverte chimioprotéomique de nouvelles structures principales pour des cibles non médicamentables Contexte technique Actuellement, seulement environ 800 protéines ont été ciblées par des médicaments approuvés par la FDA, et un grand nombre de cibles liées à la maladie sont « non médicamentables ». Car, à l’heure actuelle, la plupart des technologies reposent sur des protéines purifiées. L’avènement de la chimprotéomique a révolutionné la découverte de médicaments, depuis les protéines purifiées jusqu’aux cellules vivantes. Il est capable d'analyser quantitativement les interactions entre petites molécules et...
