La nostra piattaforma scientifica,Schermata ChomiX, che si basa su DIA-ABPP (profiling proteico basato su attività di acquisizione indipendente dai dati), è una parte importante della nostra metodologia leader di ABPP. Attraverso il nsSchermata ChomiXpiattaforma tecnologica, possiamo selezionare i composti covalenti del piombo per individuare obiettivi non drogabili. Il processo specifico comprende il trattamento di molecole covalenti di cellule viventi, la separazione e l'arricchimento di peptidi marcati con sonde chimiche, il rilevamento tramite spettrometria di massa ad alta risoluzione e la costruzione di una rete di legame del farmaco al sito bersaglio. Ciò ci consente di valutare la capacità di legame e la selettività dei farmaci per specifiche tasche di residui aminoacidici su più target proteici contemporaneamente, generando composti candidati. Al momento, abbiamo creato una libreria completa di target proteici, inclusa la più grande libreria nazionale di composti covalenti mirati alla cisteina , basato sulla nostra libreria di sonde chimiche e altri moduli principali caratteristici.
Il tasso di occupazione del sito di legame (sito Protein_Cys) per ciascun composto viene determinato utilizzando le intensità dello spettrometro di massa dei peptidi marcati con sonda quantificati. In sostanza, la sonda specifica per la cisteina compete con i composti per legarsi a una determinata tasca di legame. Più basso è il segnale del peptide marcato con la sonda, più forte è la capacità di occupazione del composto. Per ciascun sito di cisteina della proteina di interesse (POI), viene condotta la determinazione dei rapporti di coinvolgimento del target dose-dipendenti (TE50) per i composti selezionati. I candidati colpiti vengono quindi confermati attraverso la classifica dei loro valori TE50. Più basso è il TE50, più forte il composto occupa il sito della cisteina del POI nelle cellule viventi.
