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Identificazione e analisi di selettività dei bersagli del degradatore proteico
Negli ultimi anni, la degradazione mirata delle proteine (TPD) è emersa come una strategia terapeutica innovativa che mira a modulare la malattia intervenendo nell’espressione proteica utilizzando molecole farmacologiche. Tra questi approcci, la proteolisi mirata alle chimere (PROTAC) ha raccolto un'attenzione significativa. Il concetto di PROTAC è stato proposto per la prima volta da Crews et al. nel 2001, con l'idea centrale di sfruttare il sistema endogeno ubiquitina-proteasoma per degradare le proteine bersaglio, raggiungendo così obiettivi terapeutici. A causa della loro elevata attività, della capacità di colpire le proteine "non resistenti" e di superare la resistenza ai farmaci, i PROTAC sono diventati un argomento caldo nello sviluppo di farmaci, con importanti aziende farmaceutiche come Pfizer, Bayer e Merck attivamente coinvolte nella ricerca e nello sviluppo in questo settore. .
Oltre ai PROTAC, esistono diverse strategie simili, tra cui i degradatori della colla molecolare che utilizzano il sistema ubiquitina-proteasoma, il lisosoma che mira alle chimere (LYTAC) che utilizza la via endosoma-lisosoma, così come l'autofagia che mira alle chimere (AUTAC) e i composti tethering dell'autofagosoma (ATTEC). ) utilizzando la via autofagia-lisosoma. Questi approcci stanno aprendo la strada a nuove strade nel trattamento delle malattie.
Tuttavia, un criterio di valutazione chiave nello sviluppo di tali molecole è se possono degradare le proteine bersaglio in modo specifico senza influenzare l’abbondanza di altre proteine nella cellula. Per raggiungere questo obiettivo, la tecnologia della proteomica quantitativa gioca un ruolo cruciale. Questa tecnologia consente il confronto quantitativo dell'abbondanza della stessa proteina tra diversi campioni a livello del proteoma utilizzando la spettrometria di massa ad alta risoluzione. Attualmente, una strategia di proteomica quantitativa comunemente utilizzata prevede l'introduzione di etichette isotopiche stabili durante la preparazione del campione peptidico. Durante il rilevamento mediante spettrometria di massa, i peptidi con la stessa sequenza aminoacidica ma provenienti da campioni diversi mostrano rapporti massa/carica diversi a causa della differenza nella massa dell'etichetta isotopica. Pertanto, il rapporto degli ioni coeluiti della stessa sequenza peptidica può riflettere quantitativamente l'abbondanza della stessa proteina in campioni diversi. Questa strategia non solo migliora l'efficienza della preparazione del campione e dell'acquisizione dei dati della spettrometria di massa, ma riduce anche gli errori sperimentali tra i campioni, rendendo i risultati più stabili e affidabili.
Piattaforma tecnica
Chomix ha sviluppato una varietà di piattaforme tecnologiche di proteomica chimica quantitativa. Le sue piattaforme innovative consentono un'analisi qualitativa e quantitativa precisa di oltre 5.000 proteine in una singola linea cellulare, fornendo un solido supporto per un'analisi completa della selettività del target. Prendendo l'esempio della piattaforma tecnologica di proteomica multiquantitativa basata sull'etichettatura Tandem Mass Tag (TMT), questa tecnologia estrae prima l'intero proteoma dai campioni cellulari trattati con degradatori proteici, quindi li elabora attraverso fasi di digestione enzimatica e etichettatura multiquantitativa prima essendo mescolati insieme. Per migliorare la profondità di copertura del proteoma, la cromatografia liquida viene generalmente utilizzata per il pre-frazionamento dei campioni di peptidi, seguita dal rilevamento mediante spettrometria di massa di ciascun campione di peptide, analizzando così in modo approfondito le differenze di abbondanza proteica tra i campioni e chiarendo informazioni cruciali sul target e dati sulla selettività. Questa piattaforma fornisce valutazione e guida per lo sviluppo e l'ottimizzazione dei degradatori di proteine.
I nostri vantaggi
1. Eccellenza tecnica: team esperto, pubblicazioni su riviste di alto livello e servizi di settore autorevoli.
2. Tecnologia brevettuale di base: brevetti esclusivi e hardware avanzato per il supporto iniziale allo sviluppo di farmaci.
3. Servizio unico: copre la progettazione della sonda, la sintesi, la scoperta del target, l'analisi bioinformatica e il feedback tempestivo sui progressi per la soddisfazione del cliente.
4. Rigorosa gestione della qualità: la certificazione ISO9001 garantisce rapporti affidabili e autentici.
Il nostro servizio
| Progetto | Identificazione e analisi di selettività dei bersagli del degradatore proteico |
| Campione | Lisato cellulare, cellule vive |
| Piattaforma hardware | Polverizzatore di cellule ad ultrasuoni senza contatto, sistema di imaging ChemiDoc MP, spettrometro di massa Orbitrap Fusion Lumos Tribrid/Orbitrap Exploris 480/Q Exactive HF-X/timsTOF Pro 2 |
| Durata del progetto | 3-4 settimane |
| Risultati finali | Rapporto di progetto (comprese procedure sperimentali, grafici di analisi dei dati, risultati di analisi bioinformatica) |
| Prezzo | Clicca per consultare |
Caso di studio
Scopo del progetto: Sono state progettate e sintetizzate due molecole PROTAC. Le proteine all'interno e all'esterno del bersaglio devono essere analizzate per il confronto della selettività.
Metodo sperimentale: per l'analisi proteomica è stato utilizzato il metodo MS quantitativo basato su TMT.
Risultati del progetto:
Sono state quantificate un totale di 5900 proteine nelle linee cellulari tumorali e sono stati identificati bersagli ON & OFF per le molecole PROTAC1 e 2 (spettrometro di massa Orbitrap Exploris 480, TMT10plex e analisi dei dati mediante PD 2.5)
