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Identificazione del sito di legame per farmaci a piccole molecole non covalenti nelle cellule viventi
A livello cellulare, lo studio diretto della modalità d'azione tra farmaci e proteine bersaglio può aiutare a evitare cambiamenti nella struttura proteica durante la purificazione e risultati falsi positivi che possono derivare da sistemi tampone artificiali e alte concentrazioni di farmaco-proteine.
Piattaforma tecnica
ChomiX fornisce servizi di proteomica chimica utilizzando sonde chimiche fotoreattive biologicamente attive (con attività simile alle molecole dei farmaci). Queste sonde vengono incubate con cellule o tessuti rilevanti per la malattia a concentrazioni di farmaci fisiologicamente rilevanti, seguite da una tecnologia di fotoreticolazione rapida in situ per convertire le interazioni non covalenti tra le sonde molecolari del farmaco e i bersagli proteici in interazioni covalenti. Successivamente, attraverso passaggi quali l'arricchimento delle proteine target, la digestione enzimatica per rilasciare segmenti peptidici non modificati e l'arricchimento selettivo di segmenti peptidici modificati dalla sonda della molecola del farmaco, combinato con la spettrometria di massa ad alta risoluzione delle biomolecole, è possibile determinare rapidamente le informazioni sulla sequenza peptidica. Infine, vengono impiegati strumenti di docking molecolare per ottenere rapidamente modelli di legame di farmaci con proteine bersaglio, fornendo un solido supporto per la successiva ricerca di chimica farmaceutica.
I nostri vantaggi
1. Eccellenza tecnica: team esperto, pubblicazioni su riviste di alto livello e servizi di settore autorevoli.
2. Tecnologia brevettuale di base: brevetti esclusivi e hardware avanzato per il supporto iniziale allo sviluppo di farmaci.
3. Servizio unico: copre la progettazione della sonda, la sintesi, la scoperta del target, l'analisi bioinformatica e il feedback tempestivo sui progressi per la soddisfazione del cliente.
4. Rigorosa gestione della qualità: la certificazione ISO9001 garantisce rapporti affidabili e autentici.
Il nostro servizio
| Progetto | Identificazione delle tasche di legame per farmaci a piccole molecole non covalenti |
| Campione | Proteine pure, lisato cellulare, cellule vive, tessuto malato, sangue, batteri, tessuto vegetale |
| Piattaforma hardware | Polverizzatore di cellule ad ultrasuoni senza contatto, sistema di imaging ChemiDoc MP, spettrometro di massa Orbitrap Fusion Lumos Tribrid/Orbitrap Exploris 480/Q Exactive HF-X/timsTOF Pro 2 |
| Durata del progetto | 2-4 settimane |
| Risultati finali | Rapporto di progetto (comprese procedure sperimentali, grafici di analisi dei dati, risultati di analisi bioinformatica) |
| Prezzo | Clicca per consultare |
Caso di studio
Il bersaglio della molecola farmacologica candidata B è una proteina multi-transmembrana con molteplici tasche leganti il farmaco. Nonostante i molteplici tentativi che hanno utilizzato metodi di biologia strutturale come i raggi X e la crio-EM, non è stato possibile ottenere un modello di legame tra la molecola del farmaco e la proteina bersaglio.
Sulla base della struttura e dell'attività della molecola farmacologica candidata B, la nostra azienda ha progettato e sintetizzato una sonda chimica fotoreattiva, Probe B, comprendente gruppi fotoreattivi e bioortogonali. Utilizzando la piattaforma di scoperta dei target di proteomica chimica menzionata sopra, le proteine target sono state prima convalidate in linee cellulari rilevanti per l'attività della molecola farmacologica candidata B. Successivamente, sfruttando la tecnologia di identificazione delle tasche non covalenti di legame dei farmaci basata sulla spettrometria di massa, i segmenti peptidici spazialmente adiacenti per sono state determinate le tasche di legame del farmaco ed è stato fornito un modello di legame farmaco-proteina.
I test di immunoblotting hanno rivelato che la molecola del farmaco candidato B compete efficacemente con i segnali di etichettatura della sonda nelle cellule, indicando un legame diretto tra la molecola del farmaco candidato e la proteina bersaglio.
Poiché le sonde chimiche possono reticolarsi solo con segmenti peptidici in stretta prossimità spaziale, la sequenza CLPFIIGCNPTILHVHELYIR è stata identificata tramite spettrometria di massa tandem ad alta risoluzione per determinare i segmenti peptidici reticolati.
