È fondamentale determinare la modalità di legame tra i farmaci a piccole molecole e i loro bersagli proteici per la ricerca e lo sviluppo di farmaci. Un'analisi completa di queste interazioni sia a livello strutturale che fisico-chimico potrebbe approfondire in modo significativo la nostra comprensione delle funzioni delle proteine e facilitare la progettazione e l'ottimizzazione dei farmaci. Le tecniche di biologia strutturale, tra cui i raggi X, la microscopia crioelettronica (crio-EM), la risonanza magnetica nucleare (NMR), ecc., sono state ampiamente utilizzate nella determinazione delle modalità di legame dei farmaci. Le strutture ad alta risoluzione dei complessi proteina-farmaco potrebbero apportare grandi benefici all'ottimizzazione delle strutture dei farmaci nella fase iniziale. Tuttavia, l’analisi della struttura delle proteine ha costantemente posto sfide nella ricerca nel campo delle scienze della vita, in particolare per i target proteici di membrana come i recettori accoppiati a proteine G (GPCR) e le proteine dei canali ionici. Spesso consuma molto tempo e risorse in processi quali la purificazione delle proteine, lo screening della cristallizzazione del complesso proteina-farmaco e l'acquisizione ed elaborazione dei dati.
Un approccio ideale consiste nell'identificare le modalità di interazione proteina-farmaco all'interno delle cellule viventi. Questo approccio non solo evita i costi elevati associati agli studi strutturali, ma elimina anche i possibili falsi positivi derivanti da condizioni artificiali come tamponi ad alto contenuto di sale o farmaci saturi.
ChomiX utilizza sonde chimiche di fotoaffinità derivate da farmaci a piccole molecole non covalenti, consentendo la cattura di peptidi marcati situati nelle tasche di legame delle cellule viventi e la successiva identificazione mediante spettrometria di massa. Una volta determinate le sequenze peptidiche e i siti marcati, è possibile ottenere rapidamente l'esatta modalità di legame con l'aiuto del docking molecolare.
Il bersaglio presunto del farmaco B è una proteina transmembrana con molteplici tasche di legame del farmaco segnalate. I metodi biologici strutturali come i raggi X e la crio-EM hanno fallito. Verrà tentata la strategia chemioproteomica per ottenere la modalità di legame nelle cellule viventi.
La sonda di fotoaffinità B che ospita le porzioni di fotoreticolazione e bioortogonali è stata progettata e sintetizzata. L'impegno target del farmaco B è stato innanzitutto confermato e il peptide marcato situato nella tasca di legame è stato sequenziato mediante MS.
I dati immunoblot e chemioproteomici basati sulla MS hanno rivelato che il farmaco candidato può competere efficacemente per il segnale marcato con la sonda, indicando il legame diretto del farmaco candidato alla proteina bersaglio nelle cellule viventi.
Spettro MS/MS per il peptide di modificazione del farmaco: CLPFIIGCNPTILH*VHELYIR
Modalità di legame dei farmaci basata su dati chemioproteomici basati sulla MS e docking molecolare