Molti composti attivi di piccole molecole, come metaboliti, prodotti naturali e molecole di farmaci, interagiscono dinamicamente e reversibilmente con le proteine ​​​​bersaglio in modo non covalente. Quando le proteine ​​vengono inattivate durante gli studi in vitro, ciò può interrompere le loro interazioni di legame. La tecnologia di etichettatura con fotoaffinità (PAL) è ampiamente utilizzata nei campi dell'identificazione di target di piccole molecole, dell'imaging della distribuzione cellulare e dell'etichettatura delle proteine. PAL è un metodo comune per catturare in modo covalente le interazioni di piccole molecole-biomolecole. Sotto stimolazione con luce ultravioletta, i gruppi fotoreattivi sulle sonde chimiche (classificazione e caratteristiche sono mostrate nella tabella seguente) generano radicali, nitreni o carbeni, che possono etichettare rapidamente e covalentemente biomolecole adiacenti. Tra queste, la struttura della diazirina è quella più utilizzata nelle sonde bioortogonali a fotoaffinità di piccole molecole grazie alla sua forte biocompatibilità, alla piccola struttura chimica e all'elevata velocità di reazione.

I prodotti rappresentativi sono i seguenti: