Profilazione dell'intero proteoma per farmaci di degradazione proteica mirata (TPD).

Profilazione dell'intero proteoma per farmaci per la degradazione proteica mirata (TPD).

Caratteristiche tecniche della piattaforma

Il farmaco Proteolysis Targeting Chimeras (PROTAC) è una molecola bifunzionale che può legarsi alla proteina bersaglio e reclutare l'ubiquitina E3 ligasi per la degradazione. Pertanto, nuove modalità come PROTAC e la colla molecolare hanno la capacità di alterare inavvertitamente l'abbondanza di proteine endogene, il che fornisce un nuovo metodo terapeutico per i bersagli proteici, in particolare le proteine non drogabili. La quantificazione completa dell'abbondanza di proteine all'interno e all'esterno del bersaglio è stato uno degli esperimenti standard per la ricerca e lo sviluppo di farmaci TPD.

Flusso di lavoro

La piattaforma segue un flusso di lavoro strutturato, che inizia con l'estrazione del lisato cellulare, esegue successivamente la digestione delle proteasi, l'etichettatura isotopica e termina con il rilevamento mediante spettrometria di massa.

Caso di studio

Scopo del progetto

Sono state progettate e sintetizzate due molecole PROTAC. Le proteine all'interno e all'esterno del bersaglio devono essere analizzate per confrontare la selettività.

Metodo sperimentale

Per l'analisi proteomica è stato utilizzato il metodo MS quantitativo basato su TMT.

Sono state quantificate un totale di 5900 proteine nelle linee cellulari tumorali e sono stati identificati bersagli ON & OFF per le molecole PROTAC1 e 2 (spettrometro di massa Orbitrap Exploris 480, TMT10plex e analisi dei dati mediante PD 2.5)