제품
공유결합 소분자 약물에 대한 단백질 표적의 경쟁적 화학단백체 프로파일링
플랫폼 기술적 특징
비공유 약물과 유사하게 리포터 그룹으로 기능화된 화학 프로브를 사용하는 직접 풀다운 전략도 공유 결합 소분자 약물에 대해 성공적으로 입증되었습니다. 그러나 일부 공유결합 약물은 생체 활성 손실이나 합성 불가능성으로 인해 화학적 변형을 견딜 수 없다는 점은 주목할 가치가 있습니다. 또한, 형성된 공유 결합은 일반적으로 MS 검출 중에 불안정합니다.
경쟁적 화학단백체 전략은 단백질 라벨링을 위해 보편적인 활동 기반 프로브를 사용하는 이상적인 대안입니다. 시스테인, 리신, 세린, 히스티딘 잔기와 반응하는 특정 화학 탐침이 개발되었습니다. 원칙적으로, 공유결합 소분자가 일단 점유되면, 아미노산 잔기는 프로브에 의해 표지될 수 없습니다. 결과적으로, 아미노산 분해능을 이용한 경쟁 전략을 통해 ON 및 OFF 타겟을 종합적으로 식별할 수 있었습니다.
작업흐름
이 플랫폼은 공유 결합 분자를 사용한 살아있는 세포 라벨링으로 시작하여 라벨링된 프로테옴 추출, 화학적 프로브 라벨링, 생물학적 직교 결찰, 스트렙타비딘 기반 농축, 프로테아제 분해, 동위원소 라벨링 및 최종 질량 분석법 검출을 포함하는 단계로 구성된 구조화된 워크플로우를 따릅니다.
사례 연구
프로젝트 목표
암젠이 개발한 AMG510은 종양의 KRAS-G12C 돌연변이를 표적으로 하는 최초의 승인된 약물이다. 이 프로젝트의 목적은 KRAS-G12C 돌연변이가 있는 NCI-H358 세포에서 AMG510의 온/오프 표적을 프로파일링하는 것이었습니다.
실험방법
ChomiX의 핵심 기술 플랫폼 중 하나인 DIA-ABPP를 사용하여 프로테옴 수준의 타겟 점유율을 분석했습니다.
데이터 시각화
5768개 단백질의 총 16992개 Cys 부위가 NCI-H358 세포에서 정량화되었습니다. KRAS_C12 사이트의 목표 점유율은 1μM AMG510 처리 시 100%에 가깝습니다.현장에서, 다른 사이트인 KRAS_C80은 영향을 받지 않았습니다. 이 데이터는 AMG510의 높은 표적 특이성을 입증했습니다. (표지된 Cys 잔기는 *로 표시됨)
