제품
비공유 소분자 약물에 대한 단백질 표적의 화학단백체 프로파일링
플랫폼 기술적 특징
소분자 약물은 약물 R&D 분야에서 중요한 역할을 합니다. 현재 FDA가 승인한 약물은 총 812개의 개별 인간 단백질을 표적으로 삼고 있습니다. 위에서 언급한 표적을 겨냥한 약물 중 84%가 소분자 약물입니다. 게다가 이들 단백질 중 639개만이 소분자 약물의 표적이 되었습니다. 소분자 약물과 단백질 표적 사이의 상호작용에는 비공유 결합 모드와 공유 결합 모드가 포함되며, 현재는 전자가 우세합니다.
수소 결합 및 π-π 스태킹과 같은 비공유 상호 작용은 단백질 변성으로 인해 중단될 수 있습니다. 이러한 문제를 해결하기 위해 우리 플랫폼은 단백질의 활성 부위에 "화학 라벨"을 정확하게 부착하기 위한 잘 확립된 기술인 광친화성 라벨링을 사용합니다. 또한, 당사의 혁신적인 현장 화학적 가교 전략은 일시적인 비공유 단백질 상호작용을 공유 및 영구 화학 결합으로 변환합니다. 광친화성과 생체직교 부분으로 기능화된 화학 프로브를 활용함으로써 ChomiX의 화학단백체학 플랫폼은 세포 용해물, 조직 및 살아있는 세포 내에서 단백질 표적을 성공적으로 찾아내는 효과를 입증했습니다. 플랫폼에 적용되는 생리활성 소분자 약물의 스펙트럼에는 내인성 대사산물, 천연물, 비공유 합성 분자를 포함한 다양한 화합물이 포함됩니다.
작업흐름
이 플랫폼은 비공유 분자에서 파생된 광친화성 프로브를 사용하여 살아있는 세포를 라벨링하는 것부터 시작하여 구조화된 작업 흐름을 따릅니다. 후속 단계에는 표지된 프로테옴 추출, 생체직교 결찰, 스트렙타비딘 기반 농축, 프로테아제 소화, 동위원소 라벨링, 마지막으로 질량 분석법 검출이 포함됩니다.
사례 연구
프로젝트 목표
화합물 A는 세포 생존율 분석에서 우수한 항증식 활성을 나타냈습니다. Chemoproteomics 플랫폼은 단백질 표적을 특성화하는 데 사용되었습니다.
실험방법
광친화성 화학 프로브인 프로브 A는 화합물 A의 SAR 데이터를 기반으로 설계 및 합성되었습니다. 프로브 A는 또한 종양 세포주에서 유사한 항증식 활성을 보여주었습니다. 젤 및 MS 기반 실험이 수행되었습니다. MOA를 밝히기 위해 MS 데이터를 분석했습니다.
데이터 시각화
겔 기반 형광 결과는 프로브 A가 단백질을 효과적으로 표지할 수 있고 표지 신호가 화합물 A와 크게 경쟁할 수 있음을 보여주었습니다. 종합적으로, 이러한 데이터는 프로브 A가 후속 표적 발견을 위한 화학적 프로브 도구로 사용될 수 있음을 나타냅니다. 이는 화합물 A와 동일한 단백질에 결합할 수 있습니다.
화산 플롯은 프로브 A 대 DMSO(직접) 그룹에서 프로브 A에 의해 114개의 단백질(빨간색 강조 표시)이 크게 농축되었으며 프로브 A 대 DMSO(직접) 그룹에서 38개의 단백질(빨간색 강조 표시)이 화합물 A와 크게 경쟁했음을 보여줍니다. ) (경쟁) 그룹. 벤 다이어그램은 32개의 중첩된 단백질이 높은 신뢰도로 잠재적인 화합물 A 결합 표적이 될 수 있음을 보여주었습니다.（n = 3, 비율 ≥2,p-값 ≤ 0.05)
