비공유 약물과 유사하게 리포터 그룹으로 기능화된 화학 프로브를 사용하는 직접 풀다운 전략도 공유 결합 소분자 약물에 대해 성공적으로 입증되었습니다. 그러나 일부 공유결합 약물은 생체 활성 손실이나 합성 불가능성으로 인해 화학적 변형을 견딜 수 없다는 점은 주목할 가치가 있습니다. 또한, 형성된 공유 결합은 일반적으로 MS 검출 중에 불안정합니다.
경쟁적 화학단백체 전략은 단백질 라벨링을 위해 보편적인 활동 기반 프로브를 사용하는 이상적인 대안입니다. 시스테인, 리신, 세린, 히스티딘 잔기와 반응하는 특정 화학 탐침이 개발되었습니다. 원칙적으로, 공유 결합 소분자가 일단 점유되면, 아미노산 잔기는 프로브에 의해 표지될 수 없습니다. 결과적으로, 아미노산 분해능을 이용한 경쟁 전략을 통해 ON 및 OFF 타겟을 종합적으로 식별할 수 있었습니다.