Ons wetenschappelijk platform,ChomiX-scherm, dat is gebaseerd op DIA-ABPP (Data Independent Acquisition-Activity Based Protein Profiling), is een belangrijk onderdeel van onze toonaangevende ABPP-methodologie. Via onzeChomiX-schermtechnologieplatform kunnen we covalente loodverbindingen screenen op niet-druggeerbare doelwitten. Het specifieke proces omvat covalente molecuulbehandeling van levende cellen, scheiding en verrijking van met chemische probes gelabelde peptiden, massaspectrometriedetectie met hoge resolutie en constructie van een geneesmiddel-doelwitbindingsnetwerk. Dit stelt ons in staat om het bindingsvermogen en de selectiviteit van geneesmiddelen voor specifieke aminozuurresiduen op meerdere eiwitdoelen tegelijkertijd te evalueren, waardoor kandidaatverbindingen worden gegenereerd. Momenteel hebben we een uitgebreide bibliotheek met eiwitdoelen opgebouwd, inclusief de grootste binnenlandse bibliotheek van covalente verbindingen die zich richten op cysteïne , gebaseerd op onze chemische sondebibliotheek en andere karakteristieke kernmodules.
De bezettingsgraad van de bindingsplaats (Protein_Cys site) voor elke verbinding wordt bepaald met behulp van de massaspecificatie-intensiteiten van gekwantificeerde probe-gelabelde peptiden. In wezen concurreert de cysteïne-specifieke probe met verbindingen voor binding aan een bepaalde bindingsholte. Hoe lager het signaal van het probe-gelabelde peptide, hoe sterker het bezettingsvermogen van de verbinding. Voor elke cysteïneplaats van het eiwit van belang (POI) wordt de bepaling van dosisafhankelijke doelbetrokkenheidsverhoudingen (TE50) uitgevoerd voor geselecteerde verbindingen. Hitkandidaten worden vervolgens bevestigd via de rangschikking van hun TE50-waarden. Hoe lager de TE50, hoe sterker de verbinding de cysteïneplaats van POI in levende cellen inneemt.
