Technisch platform
Chemoproteomics heeft de ontdekking van medicijndoelen geavanceerd, vooral met op chemische sondes gebaseerde platforms. Uitdagingen zoals complexe synthese, lage opbrengst, hoge kosten en onbekende SAR van medicijnmoleculen belemmeren echter de vooruitgang.
Het fotoaffiniteitsmagnetische kralenplatform pakt deze problemen aan door actieve medicijnmoleculen via UV-verlichting op functionele magnetische kralen te immobiliseren, waardoor de noodzaak voor een chemisch sondeontwerp wordt geëlimineerd. Dit zorgt voor een specifieke binding tussen het medicijn en zijn doeleiwit. Na incubatie met het proteoom verrijken en isoleren de kralen de doeleiwitten van geneesmiddelen, die vervolgens worden geanalyseerd door immunoblotting en massaspectrometrie.
Platformfuncties
Casestudy
Om de doelwitten van staurosporine (Stau) te valideren, hebben we het geïmmobiliseerd op het oppervlak van fotoaffiniteitsgemodificeerde functionele magnetische kralen (Stau-kralen). Vervolgens hebben we de Stau-kralen met het hele proteoom geïncubeerd, waarbij we Fmoc-kralen als controlegroep gebruikten. De resulterende Western blot (WB)-resultaten worden weergegeven in de onderstaande figuur, wat aangeeft dat Stau-kralen het doeleiwit FECH (een bekend positief doelwit) effectief verrijkten.
Vervolgens hebben we de met Fmoc-kralen en Stau-kralen verrijkte en gescheiden eiwitten onderworpen aan enzymatische vertering en massaspectrometrie-analyse. We vergeleken kwantitatief de intensiteitsverschillen van eiwitten tussen de experimentele groep (Stau-beads) en de controlegroep (Fmoc-beads). De resultaten toonden aan dat alle bekende positieve doeleiwitten significant verrijkt waren in de Stau-beads-groep, wat de effectiviteit van de methode bevestigde.
