Proteoombrede profilering voor geneesmiddelen voor gerichte eiwitdegradatie (TPD).

Proteoombrede profilering voor geneesmiddelen voor gerichte eiwitafbraak (TPD).

Technische kenmerken van het platform

Het Proteolysis Targeting Chimeras (PROTAC) medicijn is een bifunctioneel molecuul dat kan binden aan het beoogde eiwit en de ubiquitine E3-ligase kan recruteren voor afbraak. Daarom hebben nieuwe modaliteiten zoals PROTAC en moleculaire lijm het vermogen om onbedoeld de overvloed aan endogene eiwitten te veranderen, wat een nieuwe therapeutische methode biedt voor eiwitdoelen, vooral de niet-druggeerbare eiwitten. Het alomvattend kwantificeren van de overvloed aan on- en off-target-eiwitten is een van de standaardexperimenten voor R&D op het gebied van TPD-geneesmiddelen.

Werkstroom

Het platform volgt een gestructureerde workflow, beginnend met cellysaatextractie, vervolgens het uitvoeren van proteasevertering, isotopische labeling en eindigend met massaspectrometriedetectie.

Casestudy

Projectdoel

Er werden twee PROTAC-moleculen ontworpen en gesynthetiseerd. De on- en off-target-eiwitten moeten worden geanalyseerd om de selectiviteit te vergelijken.

Experimentele methode

Op TMT gebaseerde kwantitatieve MS-methode werd gebruikt voor proteomische analyse.

In totaal werden 5900 eiwitten gekwantificeerd in tumorcellijnen en ON & OFF-doelen werden geïdentificeerd voor PROTAC1 en 2 moleculen (Orbitrap Exploris 480 massaspectrometer, TMT10plex en data-analyse door PD 2.5)