Identificatie van eiwitdoelen door differentiële proteomics

Technische kenmerken van het platform

Differentiële proteomics bestudeert de veranderingen van het proteoom onder verschillende fysiologische of pathologische toestanden, zoals medicamenteuze behandelingen of genregulatie, door twee of meer monsters te vergelijken.Deze aanpak werpt licht op belangrijke levensprocessen of belangrijke ziekten om de belangrijkste verschillende eiwitten te achterhalen die worden beschouwd als markers voor kwalitatieve en functionele analyse.Duizenden eiwitten kunnen kwantitatief worden geïdentificeerd met het ChomiX-standaardprotocol, inclusief proteoommonstervoorbereiding, proteasevertering, peptidefractionering, MS-gegevensverzameling en bio-informatica-analyse.

Service aanbod

1. Kwantitatieve en proteoombrede analyse van differentiële eiwitten veroorzaakt door ziekten, medicamenteuze behandelingen of omgevingsstress enz.

2. Kwantitatieve analyse van proteoom uit subcellulaire structuren (celmembranen, kernen, mitochondriën, enz.).

3. Ontdekking van biomarkers op de gehele proteoomschaal.

Proteomische kwantificatiemethoden

Labelvrije kwantificering (LFQ)

Techniek:

Eiwitkwantificering door spectrale telling of XIC-intensiteit, kwantificering op MS1-niveau

Voordelen:

geen isotopenlabeling, hoge doorvoer

Voorbeeldvereisten:

Cel-, weefsel-, bloedmonsters etc.

Etikettering van stabiele isotopen door reductieve dimethylatie (ReDi)

Technologie:

Er worden reguliere (lichte) of gedeutereerde (zware) vormen van formaldehyde en natriumcyanoboorhydride gebruikt om twee methylgroepen aan het N-uiteinde van het peptide en de zijketen van lysineresiduen toe te voegen.Kwantificering op MS1-niveau

Voordelen:

duplex en triplex chemische etikettering, lage kosten, snelle reactiesnelheid, hoge reproduceerbaarheid, geen beperking van monsters;

Voorbeeldvereisten:

Cel-, weefsel-, bloedmonsters etc.

Stabiele isotopenlabeling door aminozuren in celcultuur (SILAC)

Technologie:

Celkweek in medium dat stabiele isotopen bevat die essentiële aminozuren labelen voor proteoomkwantificering in verschillende monsters;Kwantificering op MS1-niveau

Voordelen:

duplex metabolische etikettering, minder systeemfouten;

Voorbeeldvereisten:

monsters van levende cellen.

Tandem-massatags (TMT/IBT)

Technologie:

Relatieve kwantificering van de peptide-intensiteit door zijn reportergroep in verschillende monsters;Kwantificering op MS2-niveau

Voordelen:

Tot 16 monsters kwantificering, nauwkeurige kwantificering;

Voorbeeldvereisten:

Cel-, weefsel-, bloedmonsters etc.

Legende van figuren

Projectdoel

Vergelijkende analyse van veranderingen in hele proteoomniveaus tussen de met medicijnen behandelde groep en de controlegroep om de moleculaire mechanismen te onderzoeken die ten grondslag liggen aan het medicijnfenotype.

Voorbeeldtypen

Cellulaire specimens onderworpen aan medicijn- en controlebehandelingen, elk bestaande uit drie biologische replicaten.

Experimentele methode

Kwantitatieve identificatie van differentieel tot expressie gebrachte eiwitten op het gehele proteoomniveau met behulp van op TMT gebaseerde proteomics-methodologie voor het labelen van meerdere isotopen.

Data visualisatie

Vulkaanplot voor analyse van de eiwitabundantie

Zoals blijkt uit de vulkaanplot werden 5987 eiwitten gekwantificeerd in in totaal zes groepen.De verhouding van elk eiwit werd geanalyseerd door middel van t-testanalyse, waaruit bleek dat 560 eiwitten in de met geneesmiddel behandelde groep waren opgereguleerd en 363 eiwitten waren neerwaarts gereguleerd.De gerelateerde intensiteitsinformatie werd ook gepresenteerd in de heatmap.

Heatmap van eiwitovervloed tussen controle- en experimentele groep.

KEGG-route- en Gene Ontology (GO)-analyses werden uitgevoerd op de differentieel tot expressie gebrachte eiwitten, waaronder GOTERM-Biological Process, GOTERM-Cellular Component en GOTERM-Molecular Function.Door het significantieniveau van GOTERM-verrijking te beoordelen, hebben we functionele categorieën en routes geïdentificeerd die aanzienlijk zijn verrijkt door de differentieel tot expressie gebrachte eiwitten, waardoor we hebben bijgedragen aan de verkenning van moleculaire mechanismen van geneesmiddelen.

Gene Ontology-analyse van differentiële eiwitten.

Gene Ontology-analyse, inclusief GOTERM_ Biologisch proces, GOTERM_ Cellulaire component, GOTERM_ Moleculaire functie en KEGG-route, onthulde dat de opgereguleerde eiwitten aanzienlijk verrijkt waren in nucleaire chromosoomsegregatie, mitotische zusterchromatidensegregatie en zusterchromatidensegregatie-signaleringsroute.

Vorig: Competitieve chemoproteomische profilering van eiwitdoelen voor covalente geneesmiddelen met kleine moleculen

Volgende: Chemoproteomische profilering van eiwitdoelen voor niet-covalente geneesmiddelen met kleine moleculen

Schrijf hier uw bericht en stuur het naar ons