head_banner1

Produkty

Konkurencyjne profilowanie chemoproteomiczne celów białkowych dla kowalencyjnych leków małocząsteczkowych

Funkcje techniczne platformy

Podobnie jak w przypadku leków niekowalencyjnych, w przypadku kowalencyjnych leków małocząsteczkowych z powodzeniem zademonstrowano także strategię bezpośredniego ściągania z wykorzystaniem sond chemicznych funkcjonalizowanych grupami reporterowymi.Warto jednak zauważyć, że niektóre leki kowalencyjne nie tolerują modyfikacji chemicznych ze względu na utratę bioaktywności lub niedostępność syntetyczną.Ponadto utworzone wiązanie kowalencyjne jest zwykle niestabilne podczas wykrywania MS.

Konkurencyjna strategia chemoproteomiczna jest idealną alternatywą, która wykorzystuje uniwersalną sondę opartą na aktywności do znakowania białek.Opracowano specjalne sondy chemiczne reagujące z resztami cysteiny, lizyny, seryny i histydyny.W zasadzie, gdy jest zajęta przez kowalencyjną małą cząsteczkę, reszta aminokwasowa nie może być wyznakowana przez sondę.W rezultacie cele ON i OFF mogą być kompleksowo identyfikowane za pomocą tej strategii konkurencyjnej z rozdzielczością aminokwasów.

微信图片_20230511112138

Przepływ pracy

共价流程图英文小

Platforma działa według zorganizowanego przepływu pracy, zaczynając od znakowania żywych komórek cząsteczkami kowalencyjnymi, po których następują etapy obejmujące ekstrakcję znakowanego proteomu, znakowanie sondą chemiczną, ligację bioortogonalną, wzbogacanie na bazie streptawidyny, trawienie proteazą, znakowanie izotopowe i końcową detekcję spektrometrią mas.

Studium przypadku

Cel projektu

AMG510, opracowany przez firmę Amgen, to pierwszy zatwierdzony lek ukierunkowany na mutację KRAS-G12C w nowotworach.Celem projektu było profilowanie włączających i wyłączających celów AMG510 w komórkach NCI-H358 z mutacją KRAS-G12C.

2

Metoda eksperymentalna

Do analizy obłożenia docelowego na poziomie proteomu wykorzystano DIA-ABPP, jedną z podstawowych platform technologicznych w ChomiX.

Wizualizacja danych

Dzień 2
3
微信图片_20230509175130

W komórkach NCI-H358 oznaczono łącznie 16992 miejsca Cys z 5768 białek.Docelowe zajęcie miejsca KRAS_C12 było bliskie 100% po potraktowaniu 1 μM AMG510na miejscu, podczas gdy druga witryna, KRAS_C80, pozostała nienaruszona.Dane te wykazały wysoką specyficzność docelową AMG510.(Oznakowane reszty Cys są oznaczone *)


  • Poprzedni:
  • Następny:

  • Napisz tutaj swoją wiadomość i wyślij ją do nas