Produkty
Konkurencyjne profilowanie chemoproteomiczne celów białkowych dla kowalencyjnych leków małocząsteczkowych
Funkcje techniczne platformy
Podobnie jak w przypadku leków niekowalencyjnych, w przypadku kowalencyjnych leków małocząsteczkowych z powodzeniem zademonstrowano także strategię bezpośredniego ściągania z wykorzystaniem sond chemicznych funkcjonalizowanych grupami reporterowymi. Warto jednak zauważyć, że niektóre leki kowalencyjne nie tolerują modyfikacji chemicznych ze względu na utratę bioaktywności lub niedostępność materiałów syntetycznych. Ponadto utworzone wiązanie kowalencyjne jest zwykle niestabilne podczas wykrywania MS.
Konkurencyjna strategia chemoproteomiczna jest idealną alternatywą, która wykorzystuje uniwersalną sondę opartą na aktywności do znakowania białek. Opracowano specjalne sondy chemiczne reagujące z resztami cysteiny, lizyny, seryny i histydyny. W zasadzie, gdy jest zajęta przez kowalencyjną małą cząsteczkę, reszta aminokwasowa nie może być wyznakowana przez sondę. W rezultacie cele ON i OFF mogą być kompleksowo identyfikowane za pomocą tej strategii konkurencyjnej z rozdzielczością aminokwasów.
Przebieg pracy
Platforma działa według zorganizowanego przepływu pracy, zaczynając od znakowania żywych komórek cząsteczkami kowalencyjnymi, po których następują etapy obejmujące ekstrakcję znakowanego proteomu, znakowanie sondą chemiczną, ligację bioortogonalną, wzbogacanie na bazie streptawidyny, trawienie proteazą, znakowanie izotopowe i końcową detekcję spektrometrią mas.
Studium przypadku
Cel projektu
AMG510, opracowany przez firmę Amgen, to pierwszy zatwierdzony lek ukierunkowany na mutację KRAS-G12C w nowotworach. Celem projektu było profilowanie włączających i wyłączających celów AMG510 w komórkach NCI-H358 z mutacją KRAS-G12C.
Metoda eksperymentalna
Do analizy obłożenia docelowego na poziomie proteomu wykorzystano DIA-ABPP, jedną z podstawowych platform technologicznych w ChomiX.
Wizualizacja danych
W komórkach NCI-H358 oznaczono łącznie 16992 miejsca Cys z 5768 białek. Docelowe zajęcie miejsca KRAS_C12 było bliskie 100% po potraktowaniu 1 μM AMG510na miejscu, podczas gdy druga witryna, KRAS_C80, pozostała nienaruszona. Dane te wykazały wysoką specyficzność docelową AMG510. (Oznakowane reszty Cys są oznaczone *)
