Nasza platforma naukowa,Ekran ChomiXa, który opiera się na DIA-ABPP (Data Independent Acquisition-Activity Based Protein Profiling), jest ważną częścią naszej wiodącej metodologii ABPP. Przez naszeEkran ChomiXaplatformę technologiczną, możemy badać kowalencyjne związki ołowiu pod kątem celów, których nie da się pokonać. Specyficzny proces obejmuje traktowanie żywych komórek cząsteczkami kowalencyjnymi, oddzielanie i wzbogacanie peptydów znakowanych sondą chemiczną, wykrywanie za pomocą spektrometrii masowej o wysokiej rozdzielczości oraz budowę sieci wiązania leku z miejscem docelowym. Umożliwia to ocenę zdolności wiązania i selektywności leków wobec określonych kieszeni reszt aminokwasowych na wielu celach białkowych jednocześnie, tworząc związki kandydujące. Obecnie zbudowaliśmy obszerną bibliotekę celów białkowych, w tym największą krajową bibliotekę związków kowalencyjnych nakierowanych na cysteinę , w oparciu o naszą bibliotekę sond chemicznych i inne charakterystyczne moduły podstawowe.
Stopień obłożenia miejsca wiązania (miejsce Protein_Cys) dla każdego związku określa się przy użyciu intensywności spektrometrii masowej ilościowo znakowanych peptydów sondą. Zasadniczo sonda specyficzna dla cysteiny konkuruje ze związkami o wiązanie z określoną kieszenią wiążącą. Im niższy sygnał peptydu znakowanego sondą, tym silniejsza jest zdolność związku do obłożenia. Dla każdego miejsca cysteinowego białka będącego przedmiotem zainteresowania (POI) przeprowadza się określenie zależnych od dawki współczynników zaangażowania docelowego (TE50) dla wybranych związków. Hitowi kandydaci są następnie potwierdzani poprzez ranking ich wartości TE50. Im niższy TE50, tym silniejszy związek zajmuje miejsce cysteinowe POI w żywych komórkach.
