Produkty
Identyfikacja i analiza selektywności docelowych degradatorów białek
W ostatnich latach ukierunkowana degradacja białek (TPD) okazała się innowacyjną strategią terapeutyczną mającą na celu modulowanie choroby poprzez ingerencję w ekspresję białek przy użyciu cząsteczek leku. Wśród tych podejść duże zainteresowanie wzbudziły chimery ukierunkowane na proteolizę (PROTAC). Koncepcja PROTAC została po raz pierwszy zaproponowana przez Crewsa i in. w 2001 r., a głównym założeniem było wykorzystanie endogennego układu ubikwityna-proteasom do degradacji białek docelowych, osiągając w ten sposób cele terapeutyczne. Ze względu na ich wysoką aktywność, zdolność do atakowania białek „niepodatnych na leki” i przezwyciężanie oporności na leki, PROTAC stały się gorącym tematem w opracowywaniu leków, a największe firmy farmaceutyczne, takie jak Pfizer, Bayer i Merck, aktywnie angażują się w badania i rozwój w tej dziedzinie .
Oprócz PROTAC istnieje kilka podobnych strategii, w tym molekularne degradatory kleju wykorzystujące układ ubikwityna-proteasom, chimery nakierowane na lizosomy (LYTAC) wykorzystujące szlak endosom-lizosom, a także chimery nakierowane na autofagię (AUTAC) i związki wiążące autofagosom (ATTEC) ) wykorzystując szlak autofagii-lizosom. Podejścia te torują drogę nowym możliwościom leczenia chorób.
Jednak kluczowym kryterium oceny przy opracowywaniu takich cząsteczek jest to, czy mogą one specyficznie degradować białka docelowe bez wpływu na liczebność innych białek w komórce. Aby osiągnąć ten cel, kluczową rolę odgrywa ilościowa technologia proteomiki. Technologia ta umożliwia ilościowe porównanie liczebności tego samego białka w różnych próbkach na poziomie proteomu za pomocą spektrometrii mas o wysokiej rozdzielczości. Obecnie powszechnie stosowana strategia proteomiki ilościowej polega na wprowadzaniu stabilnych znaczników izotopowych podczas przygotowywania próbki peptydu. Podczas wykrywania spektrometrią mas peptydy o tej samej sekwencji aminokwasów, ale z różnych próbek, wykazują różne stosunki masy do ładunku ze względu na różnicę w masie znacznika izotopowego. Dlatego stosunek współeluowanych jonów tej samej sekwencji peptydowej może ilościowo odzwierciedlać obfitość tego samego białka w różnych próbkach. Strategia ta nie tylko poprawia efektywność przygotowania próbek i gromadzenia danych ze spektrometrii mas, ale także zmniejsza błędy eksperymentalne pomiędzy próbkami, dzięki czemu wyniki są bardziej stabilne i wiarygodne.
Platforma Techniczna
Chomix opracował szereg platform technologii ilościowej proteomiki chemicznej. Jej innowacyjne platformy umożliwiają precyzyjną analizę jakościową i ilościową ponad 5000 białek w pojedynczej linii komórkowej, zapewniając solidne wsparcie dla kompleksowej analizy selektywności docelowej. Biorąc przykład z wieloilościowej platformy technologicznej proteomiki opartej na znakowaniu Tandem Mass Tag (TMT), technologia ta najpierw ekstrahuje cały proteom z próbek komórek poddanych działaniu degradatorów białek, a następnie przetwarza je poprzez trawienie enzymatyczne i etapy wieloilościowego znakowania przed są ze sobą mieszane. Aby zwiększyć głębokość pokrycia proteomu, do wstępnego frakcjonowania próbek peptydów zazwyczaj stosuje się chromatografię cieczową, a następnie wykrywanie każdej próbki peptydu za pomocą spektrometrii mas, co pozwala na dogłębną analizę różnic w liczebności białek pomiędzy próbkami i wyjaśnianie kluczowych informacji o celu i danych dotyczących selektywności. Platforma ta zapewnia ocenę i wskazówki dotyczące opracowywania i optymalizacji degradatorów białek.
Nasze zalety
1. Doskonałość techniczna: doświadczony zespół, najwyższej klasy publikacje w czasopismach i wiarygodne usługi branżowe.
2. Podstawowa technologia patentowa: ekskluzywne patenty i zaawansowany sprzęt do wspierania wczesnego opracowywania leków.
3. Kompleksowa usługa: obejmująca projektowanie sond, syntezę, odkrywanie celów, analizę bioinformatyczną i terminową informację zwrotną o postępie w celu zadowolenia klienta.
4. Rygorystyczne zarządzanie jakością: Certyfikat ISO9001 zapewnia wiarygodne i autentyczne raporty.
Nasz serwis
| Projekt | Identyfikacja i analiza selektywności docelowych degradatorów białek |
| Próbka | Lizat komórkowy, żywe komórki |
| Platforma sprzętowa | Bezkontaktowy ultradźwiękowy rozdrabniacz komorowy, system obrazowania ChemiDoc MP, spektrometr mas Orbitrap Fusion Lumos Tribrid/Orbitrap Exploris 480/Q Exactive HF-X/timsTOF Pro 2 |
| Czas trwania projektu | 3-4 tygodnie |
| Elementy dostarczane | Raport projektu (w tym procedury eksperymentalne, wykresy analizy danych, wyniki analiz bioinformatycznych) |
| Cena | Kliknij, aby skonsultować się |
Studium przypadku
Cel projektu: Zaprojektowano i zsyntetyzowano dwie cząsteczki PROTAC. Należy przeanalizować białka docelowe i pozacelowe w celu porównania selektywności.
Metoda eksperymentalna: Do analizy proteomicznej wykorzystano ilościową metodę MS opartą na TMT.
Wyniki projektu:
Ogółem oznaczono ilościowo 5900 białek w liniach komórek nowotworowych oraz zidentyfikowano cele ON i OFF dla cząsteczek PROTAC1 i 2 (spektrometr mas Orbitrap Exploris 480, TMT10plex i analiza danych za pomocą PD 2.5).
