Platforma Techniczna
Chemoproteomika przyczyniła się do zaawansowanego odkrywania celów leków, szczególnie w przypadku platform opartych na sondach chemicznych. Postęp utrudniają jednak wyzwania, takie jak złożona synteza, niska wydajność, wysoki koszt i nieznany współczynnik SAR cząsteczek leków.
Platforma kulek magnetycznych fotopowinowactwa rozwiązuje te problemy, unieruchamiając cząsteczki aktywnego leku na funkcjonalnych kulkach magnetycznych za pomocą oświetlenia UV, eliminując potrzebę projektowania sondy chemicznej. Zapewnia to specyficzne wiązanie pomiędzy lekiem i jego docelowym białkiem. Po inkubacji z proteomem kulki wzbogacają i izolują docelowe białka leku, które następnie analizuje się metodą immunoblottingu i spektrometrii mas.
Funkcje platformy
Studium przypadku
Aby zweryfikować cele staurosporyny (Stau), unieruchomiliśmy ją na powierzchni funkcjonalnych kulek magnetycznych modyfikowanych fotopowinowactwem (koraliki Stau). Następnie inkubowaliśmy kulki Stau z całym proteomem, stosując kulki Fmoc jako grupę kontrolną. Uzyskane wyniki analizy Western blot (WB) przedstawiono na rysunku poniżej, wskazując, że kulki Stau skutecznie wzbogaciły docelowe białko FECH (znany cel pozytywny).
Następnie poddaliśmy białka wzbogacone i rozdzielone przy użyciu kulek Fmoc i Stau trawieniu enzymatycznemu i analizie spektrometrii mas. Porównaliśmy ilościowo różnice w intensywności białek pomiędzy grupą eksperymentalną (koraliki Stau) i grupą kontrolną (koraliki Fmoc). Wyniki wykazały, że wszystkie znane pozytywne białka docelowe zostały istotnie wzbogacone w grupę kulek Stau, co potwierdziło skuteczność metody.
