Profilowanie całego proteomu dla leków o ukierunkowanej degradacji białek (TPD).

Profilowanie całego proteomu pod kątem leków ukierunkowanych na degradację białek (TPD).

Funkcje techniczne platformy

Lek Chimery ukierunkowane na proteolizę (PROTAC) to dwufunkcyjna cząsteczka, która może wiązać się z docelowym białkiem i rekrutować ligazę ubikwitynową E3 do degradacji. Dlatego nowe metody, takie jak PROTAC i klej molekularny, mogą w sposób niezamierzony zmieniać liczebność endogennych białek, co zapewnia nową metodę terapeutyczną w przypadku docelowych białek, zwłaszcza białek niepodlegających lekowi. Kompleksowe ilościowe określenie obfitości białek docelowych i poza nimi jest jednym ze standardowych eksperymentów w ramach prac badawczo-rozwojowych nad lekami TPD.

Przebieg pracy

Platforma realizuje zorganizowany proces, rozpoczynający się od ekstrakcji lizatu komórkowego, następnie trawienia proteazą, znakowania izotopowego, a kończąc na detekcji spektrometrią mas.

Studium przypadku

Cel projektu

Zaprojektowano i zsyntetyzowano dwie cząsteczki PROTAC. Należy przeanalizować białka docelowe i pozacelowe w celu porównania selektywności.

Metoda eksperymentalna

Do analizy proteomicznej wykorzystano ilościową metodę MS opartą na TMT.

Ogółem oznaczono ilościowo 5900 białek w liniach komórek nowotworowych oraz zidentyfikowano cele ON i OFF dla cząsteczek PROTAC1 i 2 (spektrometr mas Orbitrap Exploris 480, TMT10plex i analiza danych za pomocą PD 2.5).