Produtos
Perfil Quimioproteômico Competitivo de Alvos Proteicos para Medicamentos Covalentes de Pequenas Moléculas
Recursos técnicos da plataforma
Semelhante aos medicamentos não covalentes, a estratégia de pulldown direto usando sondas químicas funcionalizadas com grupos repórteres também foi demonstrada com sucesso para medicamentos covalentes de pequenas moléculas. Contudo, vale ressaltar que alguns fármacos covalentes são intolerantes a modificações químicas devido à perda de bioatividade ou inacessibilidade sintética. Além disso, a ligação covalente formada é geralmente instável durante a detecção de MS.
A estratégia quimioproteômica competitiva é uma alternativa ideal, que utiliza uma sonda universal baseada em atividade para rotulagem de proteínas. Sondas químicas específicas foram desenvolvidas para reagir com resíduos de cisteína, lisina, serina e histidina. Em princípio, uma vez ocupado por uma pequena molécula covalente, o resíduo de aminoácido não pode ser marcado pela sonda. Como resultado, os alvos ON e OFF poderiam ser identificados de forma abrangente por esta estratégia competitiva com a resolução de aminoácidos.
Fluxo de trabalho
A plataforma segue um fluxo de trabalho estruturado, começando com a marcação de células vivas com moléculas covalentes, seguida por etapas que incluem extração de proteoma rotulado, marcação de sonda química, ligação bioortogonal, enriquecimento à base de estreptavidina, digestão de protease, marcação isotópica e detecção final por espectrometria de massa.
Estudo de caso
Objetivo do Projeto
O AMG510, desenvolvido pela Amgen, é o primeiro medicamento aprovado visando a mutação KRAS-G12C em tumores. O objetivo do projeto era traçar o perfil dos alvos ligados e desligados do AMG510 em células NCI-H358 com a mutação KRAS-G12C.
Método Experimental
O DIA-ABPP, uma das principais plataformas tecnológicas do ChomiX, foi utilizado para analisar a ocupação alvo no nível do proteoma.
Visualização de dados
Um total de 16.992 locais Cys de 5.768 proteínas foram quantificados em células NCI-H358. A ocupação alvo do local KRAS_C12 foi próxima de 100% sob o tratamento de 1 μM AMG510no local, enquanto o outro site, KRAS_C80, não foi afetado. Estes dados demonstraram a alta especificidade do alvo do AMG510. (Os resíduos Cys rotulados são indicados com *)
