Perfil de todo o proteoma para medicamentos de degradação de proteínas direcionadas (TPD)

Recursos técnicos da plataforma

O medicamento Proteolysis Targeting Chimeras (PROTAC) é uma molécula bifuncional que pode se ligar à proteína alvo e recrutar a ubiquitina E3 ligase para degradação. Portanto, novas modalidades como PROTAC e cola molecular têm a capacidade de alterar inadvertidamente a abundância de proteínas endógenas, o que fornece um novo método terapêutico para alvos proteicos, especialmente as proteínas não-drogáveis. Quantificar de forma abrangente a abundância de proteínas dentro e fora do alvo tem sido um dos experimentos padrão para pesquisa e desenvolvimento de medicamentos TPD.

Fluxo de trabalho

A plataforma segue um fluxo de trabalho estruturado, começando com a extração do lisado celular, posteriormente realizando a digestão da protease, marcação isotópica e terminando com a detecção por espectrometria de massa.

Estudo de caso

Objetivo do Projeto

Duas moléculas PROTAC foram projetadas e sintetizadas. As proteínas dentro e fora do alvo precisam ser analisadas para comparação de seletividade.

Método Experimental

O método MS quantitativo baseado em TMT foi utilizado para análise proteômica.

Um total de 5.900 proteínas foram quantificadas em linhagens de células tumorais e alvos ON e OFF foram identificados para moléculas PROTAC1 e 2 (espectrômetro de massa Orbitrap Exploris 480, TMT10plex e análise de dados por PD 2.5)