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Identificação de alvos proteicos por proteômica diferencial
Recursos técnicos da plataforma
A proteômica diferencial estuda as alterações do proteoma sob diferentes estados fisiológicos ou patológicos, como tratamentos medicamentosos ou regulação genética, comparando duas ou mais amostras. Esta abordagem lança luz sobre processos vitais importantes ou doenças importantes, a fim de descobrir as principais proteínas diferentes que são consideradas marcadores para análise qualitativa e funcional. Milhares de proteínas podem ser identificadas quantitativamente com o protocolo padrão ChomiX, incluindo preparação de amostras de proteoma, digestão de protease, fracionamento de peptídeos, aquisição de dados de MS e análise de bioinformática.
Oferta de serviços
1. Análise quantitativa e proteômica de proteínas diferenciais causadas por doenças, tratamentos medicamentosos ou estresse ambiental, etc.
2. Análise quantitativa do proteoma de estruturas subcelulares (membranas celulares, núcleos, mitocôndrias, etc.).
3. Descoberta de biomarcadores em toda a escala do proteoma.
Métodos de Quantificação Proteômica
Quantificação sem rótulo (LFQ)
Técnica:
Quantificação de proteínas por contagem espectral ou intensidade XIC, quantificação em nível MS1
Vantagens:
sem rotulagem isotópica, alto rendimento
Requisitos de amostra:
Células, tecidos, amostras de sangue, etc.
Rotulagem de isótopos estáveis por dimetilação redutiva (ReDi)
Tecnologia:
Formas regulares (leves) ou deuteradas (pesadas) de formaldeído e cianoborohidreto de sódio são usadas para adicionar dois grupos metil ao terminal N do peptídeo e à cadeia lateral dos resíduos de lisina. Quantificação em nível MS1
Vantagens:
rotulagem química duplex e triplex, baixo custo, taxa de reação rápida, alta reprodutibilidade, sem limitação de amostras;
Requisitos de amostra:
Células, tecidos, amostras de sangue, etc.
Rotulagem de isótopos estáveis por aminoácidos em cultura celular (SILAC)
Tecnologia:
Cultura celular em meio contendo aminoácidos essenciais marcados com isótopos estáveis para quantificação do proteoma em diferentes amostras; Quantificação em nível MS1
Vantagens:
rotulagem metabólica duplex, menos erros de sistema;
Requisitos de amostra:
amostras de células vivas.
Tags de massa tandem (TMT/IBT)
Tecnologia:
Quantificação relativa da intensidade peptídica pelo seu grupo repórter em diferentes amostras; Quantificação em nível MS2
Vantagens:
Quantificação de até 16 amostras, quantificação precisa;
Requisitos de amostra:
Células, tecidos, amostras de sangue, etc.
Legenda da Figura
Objetivo do Projeto
Análise comparativa de alterações nos níveis de proteoma total entre o grupo tratado com droga e o grupo controle para investigar os mecanismos moleculares subjacentes ao fenótipo da droga.
Tipos de amostra
Espécimes celulares submetidos a tratamentos medicamentosos e de controle, cada um compreendendo três réplicas biológicas.
Método Experimental
Identificação quantitativa de proteínas diferencialmente expressas em todo o nível do proteoma usando metodologia proteômica de marcação de múltiplos isótopos baseada em TMT.
Visualização de dados
Gráfico de vulcão para análise de abundância de proteínas
Conforme mostrado no gráfico do vulcão, 5.987 proteínas foram quantificadas em um total de seis grupos. A proporção de cada proteína foi analisada por análise de teste t mostrando 560 proteínas reguladas positivamente e 363 proteínas reguladas negativamente no grupo tratado com droga. As informações de intensidade relacionadas também foram apresentadas no mapa de calor.
- Mapa de calor da abundância de proteínas entre o grupo controle e experimental.
As análises da via KEGG e da Ontologia Genética (GO) foram conduzidas nas proteínas diferencialmente expressas, incluindo GOTERM-Processo Biológico, GOTERM-Componente Celular e GOTERM-Função Molecular. Ao avaliar o nível de significância do enriquecimento do GOTERM, identificamos categorias funcionais e vias significativamente enriquecidas pelas proteínas expressas diferencialmente, contribuindo assim para a exploração dos mecanismos moleculares dos fármacos.
- Análise de Ontologia Genética de proteínas diferenciais.
A análise da Ontologia Genética, incluindo o processo biológico GOTERM_, o componente celular GOTERM_, a função molecular GOTERM_ e a via KEGG, revelou que as proteínas reguladas positivamente foram significativamente enriquecidas na segregação do cromossomo nuclear, na segregação da cromátide irmã mitótica e na via de sinalização da segregação da cromátide irmã.
