Подобно нековалентным лекарствам, стратегия прямого извлечения с использованием химических зондов, функционализированных репортерными группами, также была успешно продемонстрирована для ковалентных низкомолекулярных лекарств.Однако стоит отметить, что некоторые ковалентные препараты непереносимы к химическим модификациям из-за потери биологической активности или синтетической недоступности.Кроме того, образовавшаяся ковалентная связь обычно нестабильна при МС-детектировании.
Конкурентная хемопротеомная стратегия является идеальной альтернативой, в которой для мечения белков используется универсальный зонд, основанный на активности.Были разработаны специальные химические зонды для взаимодействия с остатками цистеина, лизина, серина и гистидина.В принципе, когда аминокислотный остаток занят небольшой ковалентной молекулой, он не может быть помечен зондом.В результате с помощью этой конкурентной стратегии с разрешением аминокислоты можно было всесторонне идентифицировать ВКЛЮЧЕННЫЕ и ВЫКЛЮЧЕННЫЕ мишени.
Платформа следует структурированному рабочему процессу, начиная с маркировки живых клеток ковалентными молекулами, за которыми следуют этапы, включающие экстракцию меченого протеома, маркировку химического зонда, биоортогональное лигирование, обогащение на основе стрептавидина, расщепление протеазой, изотопную маркировку и окончательное масс-спектрометрическое обнаружение.
AMG510, разработанный Amgen, является первым одобренным препаратом, нацеленным на мутацию KRAS-G12C в опухолях.Целью проекта было определение включенных и выключенных мишеней AMG510 в клетках NCI-H358 с мутацией KRAS-G12C.
DIA-ABPP, одна из основных технологических платформ ChomiX, использовалась для анализа целевой занятости на уровне протеома.
Всего в клетках NCI-H358 было количественно определено 16992 сайта Cys из 5768 белков.Целевая заселенность сайта KRAS_C12 была близка к 100% при обработке 1 мкМ AMG510.на месте, в то время как другой сайт, KRAS_C80, не пострадал.Эти данные продемонстрировали высокую целевую специфичность AMG510.(Помеченные остатки Cys отмечены *)