Продукты
Идентификация карманов связывания нековалентных низкомолекулярных лекарств
В процессе разработки низкомолекулярных лекарств понимание режима связывания между лекарствами и белками-мишенями имеет решающее значение для выяснения механизмов действия лекарств и направления последующей структурной оптимизации. Методы структурной биологии, такие как рентгеновская кристаллография, криоэлектронная микроскопия (криоЭМ) и ядерный магнитный резонанс (ЯМР), стали ключевыми инструментами для определения моделей связывания лекарств. В частности, сокристаллические структуры лекарственного средства и белка с высоким разрешением значительно облегчили оптимизацию структуры лекарственного средства.
Однако выяснение структуры белка, особенно мембранных белков-мишеней, таких как GPCR и ионные каналы, стало сложной задачей в исследованиях в области медико-биологических наук. Этот процесс включает в себя несколько этапов, включая экспрессию и очистку белка, проверку условий кристаллизации лекарственного белка, сбор данных о кристаллах и анализ, которые не только отнимают много времени, но и являются дорогостоящими.
На клеточном уровне непосредственное изучение механизма действия лекарств на целевые белки может помочь избежать изменений в структуре белков во время очистки и ложноположительных результатов, которые могут возникнуть из-за искусственных буферных систем и высоких концентраций лекарственного белка. Chomix стремится предоставлять комплексные услуги, используя передовые технологии для решения проблем определения взаимодействия между низкомолекулярными лекарствами и целевыми белками клеток, тем самым обеспечивая надежную техническую поддержку усилиям клиентов по разработке лекарств.
Техническая платформа
Chomix предоставляет услуги химической протеомики с использованием биологически активных фотореактивных химических зондов (с активностью, аналогичной молекулам лекарств). Эти зонды инкубируются с клетками или тканями, имеющими отношение к заболеванию, при физиологически значимых концентрациях лекарств с последующей технологией быстрой фотосшивки in situ для преобразования нековалентных взаимодействий между молекулами-зондами лекарственного средства и белками-мишенями в ковалентные взаимодействия. Впоследствии, с помощью таких этапов, как обогащение целевого белка, ферментативное расщепление для высвобождения немодифицированных пептидных сегментов и селективное обогащение пептидных сегментов, модифицированных зондом молекулы лекарственного средства, в сочетании с масс-спектрометрией биомолекул с высоким разрешением, можно быстро определить информацию о последовательности пептидов. Наконец, инструменты молекулярного стыковки используются для быстрого получения моделей связывания лекарств с целевыми белками, обеспечивая надежную поддержку для последующих исследований в области медицинской химии.
Наши преимущества
1. Техническое совершенство: опытная команда, ведущие журнальные публикации и авторитетные отраслевые услуги.
2. Основная патентная технология: эксклюзивные патенты и передовое оборудование для поддержки ранней разработки лекарств.
3. Комплексное обслуживание: охватывает разработку зондов, синтез, обнаружение целей, биоинформатический анализ и своевременную обратную связь о ходе работы для удовлетворения потребностей клиентов.
4. Строгий контроль качества: сертификация ISO9001 гарантирует достоверность и достоверность отчетов.
Наш сервис
| Проект | Идентификация карманов связывания нековалентных низкомолекулярных лекарств |
| Образец | Чистый белок, клеточный лизат, живые клетки, больные ткани, кровь, бактерии, растительные ткани. |
| Аппаратная платформа | Бесконтактный ультразвуковой измельчитель клеток, система визуализации ChemiDoc MP, масс-спектрометр Orbitrap Fusion Lumos Tribrid/Orbitrap Exploris 480/Q Exactive HF-X/timsTOF Pro 2 |
| Продолжительность проекта | 2-4 недели |
| Результаты | Отчет о проекте (включая экспериментальные процедуры, диаграммы анализа данных, результаты биоинформатического анализа) |
| Цена | Нажмите, чтобы проконсультироваться |
Тематическое исследование
Мишенью молекулы-кандидата в лекарственное средство B является мультитрансмембранный белок с множеством карманов для связывания лекарственного средства. Несмотря на многочисленные попытки использования методов структурной биологии, таких как рентген и крио-ЭМ, модель связывания между молекулой лекарства и целевым белком получить не удалось.
Основываясь на структуре и активности молекулы-кандидата лекарства B, наша компания разработала и синтезировала фотореактивный химический зонд Probe B, содержащий фотореактивные и биоортогональные группы. Используя платформу для обнаружения целей химической протеомики, упомянутую выше, целевые белки были сначала проверены в клеточных линиях, имеющих отношение к активности молекулы-кандидата лекарства B. Впоследствии, используя основанную на масс-спектрометрии технологию идентификации нековалентных карманов, связывающих лекарство, пространственно соседние пептидные сегменты были определены карманы связывания лекарственного средства и предоставлена модель связывания лекарственного средства с белком.
Анализы иммуноблоттинга показали, что молекула-кандидат лекарственного средства B эффективно конкурирует с сигналами мечения зонда в клетках, что указывает на прямое связывание между молекулой-кандидатом лекарственного средства и целевым белком.
Поскольку химические зонды могут сшиваться только с пептидными сегментами, находящимися в непосредственной пространственной близости, последовательность CLPFIIGCNPTILHVHELYIR была идентифицирована с помощью тандемной масс-спектрометрии высокого разрешения для определения сшитых пептидных сегментов.
