Подобно нековалентным лекарствам, стратегия прямого извлечения с использованием химических зондов, функционализированных репортерными группами, также была успешно продемонстрирована для ковалентных низкомолекулярных лекарств.Однако стоит отметить, что некоторые ковалентные препараты непереносимы к химическим модификациям из-за потери биологической активности или синтетической недоступности.Кроме того, образовавшаяся ковалентная связь обычно нестабильна при МС-детектировании.
Конкурентная хемопротеомная стратегия является идеальной альтернативой, в которой для мечения белков используется универсальный зонд, основанный на активности.Были разработаны специальные химические зонды для взаимодействия с остатками цистеина, лизина, серина и гистидина.В принципе, когда аминокислотный остаток занят небольшой ковалентной молекулой, он не может быть помечен зондом.В результате с помощью этой конкурентной стратегии с разрешением аминокислоты можно было всесторонне идентифицировать ВКЛЮЧЕННЫЕ и ВЫКЛЮЧЕННЫЕ мишени.