Продукты
Идентификация белковых мишеней методом дифференциальной протеомики
Технические характеристики платформы
Дифференциальная протеомика изучает изменения протеома при различных физиологических или патологических состояниях, таких как медикаментозное лечение или регуляция генов, путем сравнения двух или более образцов. Этот подход проливает свет на важные жизненные процессы или основные заболевания, чтобы выяснить ключевые белки, которые считаются маркерами для качественного и функционального анализа. Тысячи белков можно идентифицировать количественно с помощью стандартного протокола ChomiX, включая подготовку образцов протеома, расщепление протеазой, фракционирование пептидов, сбор данных MS и биоинформатический анализ.
Предложение услуг
1. Количественный и протеомный анализ дифференциальных белков, вызванных заболеваниями, медикаментозным лечением или стрессом окружающей среды и т. д.
2. Количественный анализ протеома субклеточных структур (клеточных мембран, ядер, митохондрий и т. д.).
3. Открытие биомаркеров во всем протеомном масштабе.
Протеомные методы количественного определения
Количественный анализ без меток (LFQ)
Техника:
Количественное определение белка по спектральному подсчету или интенсивности XIC, количественное определение на уровне MS1
Преимущества:
отсутствие изотопной маркировки, высокая производительность
Образцы требований:
Образцы клеток, тканей, крови и т. д.
Мечение стабильных изотопов методом восстановительного диметилирования (ReDi)
Технология:
Для добавления двух метильных групп к N-концу пептида и боковой цепи остатков лизина используются либо обычные (легкие), либо дейтерированные (тяжелые) формы формальдегида и цианоборгидрид натрия. Количественная оценка на уровне MS1
Преимущества:
дуплексная и триплексная химическая маркировка, низкая стоимость, высокая скорость реакции, высокая воспроизводимость, отсутствие ограничений по количеству образцов;
Образцы требований:
Образцы клеток, тканей, крови и т. д.
Мечение стабильных изотопов аминокислотами в культуре клеток (SILAC)
Технология:
Культура клеток в среде, содержащей незаменимые аминокислоты, мечущие стабильные изотопы, для количественного определения протеома в различных образцах; Количественная оценка на уровне MS1
Преимущества:
дуплексная метаболическая маркировка, меньше системных ошибок;
Образцы требований:
образцы живых клеток.
Тандемные массовые метки (TMT/IBT)
Технология:
Относительная количественная оценка интенсивности пептида по его репортерной группе в различных образцах; Количественная оценка на уровне MS2
Преимущества:
Количественная оценка до 16 образцов, точная количественная оценка;
Образцы требований:
Образцы клеток, тканей, крови и т. д.
Легенда рисунка
Цель проекта
Сравнительный анализ изменений уровней всего протеома между группой, принимавшей лекарство, и контрольной группой для изучения молекулярных механизмов, лежащих в основе фенотипа лекарства.
Типы образцов
Образцы клеток, подвергнутые лекарственному и контрольному воздействию, каждый из которых состоит из трех биологических повторов.
Экспериментальный метод
Количественная идентификация дифференциально экспрессируемых белков на уровне всего протеома с использованием методологии протеомики множественного изотопного мечения на основе ТМТ.
Визуализация данных
График вулкана для анализа содержания белка
Как показано на графике вулкана, всего в шести группах было количественно определено 5987 белков. Соотношение каждого белка было проанализировано с помощью t-теста, показавшего, что в группе, получавшей лекарственное средство, 560 белков были повышены и 363 белка понижены. Соответствующая информация об интенсивности также была представлена на тепловой карте.
- Тепловая карта содержания белка между контрольной и экспериментальной группой.
Анализ пути KEGG и генной онтологии (GO) проводился на дифференциально экспрессируемых белках, включая GOTERM-биологический процесс, GOTERM-клеточный компонент и GOTERM-молекулярная функция. Оценивая уровень значимости обогащения GOTERM, мы определили функциональные категории и пути, значительно обогащенные дифференциально экспрессируемыми белками, тем самым способствуя исследованию молекулярных механизмов лекарств.
- Анализ онтологии генов дифференциальных белков.
Анализ генной онтологии, включая GOTERM_ Biological Process, GOTERM_ CellularComponent, GOTERM_ Molecular function и KEGG-путь, показал, что белки с повышенной регуляцией были значительно обогащены сегрегацией ядерных хромосом, митотической сегрегацией сестринских хроматид и сигнальным путем сегрегации сестринских хроматид.
