I likhet med icke-kovalenta läkemedel har den direkta neddragningsstrategin genom att använda kemiska sönder funktionaliserade med reportergrupper också visats framgångsrikt för kovalenta småmolekylära läkemedel. Det är dock värt att notera att vissa kovalenta läkemedel är intoleranta mot kemiska modifieringar på grund av förlust av bioaktivitet eller syntetisk otillgänglighet. Dessutom är den bildade kovalenta bindningen vanligtvis instabil under MS-detektion.
Konkurrenskraftig kemoproteomisk strategi är ett idealiskt alternativ, som använder en universell aktivitetsbaserad sond för proteinmärkning. Specifika kemiska sonder har utvecklats för att reagera med cystein-, lysin-, serin- och histidinrester. I princip, när den väl är upptagen av en kovalent liten molekyl, kan aminosyraresten inte märkas av sonden. Som ett resultat kunde ON och OFF-målen identifieras heltäckande genom denna konkurrenskraftiga strategi med upplösningen av aminosyra.
Plattformen följer ett strukturerat arbetsflöde, som börjar med märkning av levande celler med kovalenta molekyler, följt av steg som inkluderar märkt proteomextraktion, kemisk sondmärkning, bioortogonal ligering, streptavidinbaserad anrikning, proteasdigestion, isotopmärkning och slutlig masspektrometridetektion.
AMG510, utvecklat av Amgen, är det första godkända läkemedlet som är inriktat på KRAS-G12C-mutation i tumörer. Syftet med projektet var att profilera till- och frånmålen för AMG510 i NCI-H358-celler med KRAS-G12C-mutationen.
DIA-ABPP, en av kärnteknikplattformarna i ChomiX, användes för att analysera målbeläggningen på proteomnivån.
Totalt 16992 Cys-ställen från 5768 proteiner kvantifierades i NCI-H358-celler. Målbeläggningen av KRAS_C12-platsen var nära 100 % under behandling av 1 μM AMG510på plats, medan den andra webbplatsen, KRAS_C80, var opåverkad. Dessa data visade den höga målspecificiteten hos AMG510. (De märkta Cys-resterna indikeras med *)