Den kemiska proteomik-målidentifieringsplattformen baserad på fotoaffinitetssonder innefattar flera nyckelsteg, inklusive sonddesign, syntes, aktivitetsbedömning, märkning, proteinberikning och dataanalys. Icke-kovalenta småmolekylära läkemedel, såsom syntetiska föreningar, örtextrakt, naturliga produkter och metaboliter, kan modifieras till fotoaffinitetssonder. När dessa sönder binder till sina mål i celler bildar de stabila kovalenta interaktioner, vilket möjliggör selektiv anrikning och identifiering av målproteiner med låg förekomst.
1. Teknisk förträfflighet: Erfaret team, tidskriftspublikationer på toppnivå och auktoritativa branschtjänster.
2. Kärnpatentteknik: Exklusiva patent och avancerad hårdvara för tidig läkemedelsutvecklingsstöd.
3. One-stop Service: Täcker sonddesign, syntes, målupptäckt, bioinformatikanalys och snabb återkoppling av framsteg för kundnöjdhet.
4. Rigorös kvalitetsledning: ISO9001-certifiering säkerställer pålitliga och autentiska rapporter.
Projekt | Identifiering av direkta mål för icke-kovalenta småmolekylära läkemedel |
Prov | Rekombinant protein, cellysat, levande celler, sjuk vävnad, blod, bakterier, växtvävnad |
Hårdvaruplattform | Beröringsfri ultraljudscellpulveriserare,ChemiDoc MP Imaging System,Orbitrap Fusion Lumos Tribrid/Orbitrap Exploris 480/Q Exactive HF-X/timsTOF Pro 2 masspektrometer |
Projektets varaktighet | 4-8 veckor |
Leveranser | Projektrapport (inklusive experimentella procedurer, dataanalysdiagram, bioinformatikanalysresultat) |
Under läkemedelsscreeningsprocessen, med användning av cellviabilitetsscreeningsteknologi, visade sig förening A uppvisa betydande hämmande effekter på målceller. För att ytterligare identifiera dess målproteiner på molekylär nivå, dechiffrera dess verkningsmekanism och utforska potentiella nya mål, designade och syntetiserade vårt företag fotoreaktiv sond Probe A (som innehåller fotoreaktiva och bioortogonala grupper) baserat på strukturen och aktivitetsegenskaperna hos förening A. Genom att utnyttja den kemiska proteomikteknologiplattformen använde vi fluorescensmärkning och masspektrometritekniker för identifiering av målprotein i cellinjer som är relevanta för aktivitet. I kombination med bioinformatikanalysmetoder grävde vi djupare in i verkningsmekanismen för förening A och dess associerade nya målproteiner.
Baserat på fluorescensgelanalys av märkningsexperimentet, märker prob A effektivt proteiner, och märkningssignalen kan avsevärt konkurreras av förening A. Detta indikerar att prob A har en liknande måltäckning som förening A, vilket gör den till ett lämpligt kemiskt sondverktyg för efterföljande målupptäckt.
Vulkandiagrammet illustrerar resultaten av Probe A vs DMSO (Direkt)-experimentet, där 114 proteiner (markerade i rött i det övre diagrammet) anrikades signifikant av Probe A. I Probe A vs (A+Probe A) (Konkurrens) experiment, märktes 38 proteiner (markerade i rött i den nedre kurvan) av prob A och konkurrerade signifikant med den ursprungliga föreningen A. Dessa två experiment genererade 32 proteiner med hög konfidensbindning till förening A (n = 3, förhållande ≥ 2, p-värde ≤ 0,05). GO Biological Pathway-analys av de 32 proteinerna med hög konfidensbindning till förening A avslöjade signifikant berikning av signalvägar såsom fosfolipidutflöde, negativ reglering av lipasaktivitet och reglering av steroltransport, i linje med fenotypen.