Teknisk plattform
Chemoproteomics har avancerad upptäckt av läkemedelsmål, särskilt med kemiska sondbaserade plattformar. Men utmaningar som komplex syntes, lågt utbyte, höga kostnader och okänd SAR för läkemedelsmolekyler hindrar framsteg.
Plattformen för magnetiska pärlor med fotoaffinitet tar itu med dessa problem genom att immobilisera aktiva läkemedelsmolekyler på funktionella magnetiska pärlor via UV-belysning, vilket eliminerar behovet av kemisk sonddesign. Detta säkerställer specifik bindning mellan läkemedlet och dess målprotein. Efter inkubation med proteomet berikar och isolerar pärlorna läkemedelsmålproteiner, som sedan analyseras med immunoblotting och masspektrometri.
Plattformsfunktioner
Fallstudie
För att validera målen för staurosporin (Stau) immobiliserade vi det på ytan av fotoaffinitetsmodifierade funktionella magnetiska pärlor (Stau-pärlor). Därefter inkuberade vi Stau-pärlorna med hela proteomet, med Fmoc-pärlor som kontrollgrupp. Resultaten från Western blot (WB) visas i figuren nedan, vilket indikerar att Stau-beads effektivt berikade målproteinet FECH (ett känt positivt mål).
Därefter utsatte vi proteinerna berikade och separerade med Fmoc-pärlor och Stau-pärlor för enzymatisk nedbrytning och masspektrometrianalys. Vi jämförde kvantitativt intensitetsskillnaderna mellan proteiner mellan experimentgruppen (Stau-beads) och kontrollgruppen (Fmoc-beads). Resultaten visade att alla kända positiva målproteiner var signifikant berikade i Stau-beads-gruppen, vilket bekräftar metodens effektivitet.
