Många aktiva småmolekylära föreningar, såsom metaboliter, naturprodukter och läkemedelsmolekyler, interagerar dynamiskt och reversibelt med målproteiner på ett icke-kovalent sätt. När proteiner inaktiveras under in vitro-studier kan detta störa deras bindningsinteraktioner. Tekniken för fotoaffinitetsmärkning (PAL) används i stor utsträckning inom områdena målidentifiering av små molekyler, avbildning av cellfördelning och proteinmärkning. PAL är en vanlig metod för att kovalent fånga små molekyl-biomolekyl interaktioner. Under stimulering med ultraviolett ljus genererar de fotoreaktiva grupperna på de kemiska sonderna (klassificering och egenskaper visas i tabellen nedan) radikaler, nitrener eller karbener, som snabbt och kovalent kan märka intilliggande biomolekyler. Bland dem är diazirinstrukturen den mest använda i bioortogonala prober med fotoaffinitet med små molekyler på grund av dess starka biokompatibilitet, lilla kemiska struktur och snabba reaktionshastighet.

De representativa produkterna är följande: