Proteomomfattande profilering för Targeted Protein Degradation (TPD) läkemedel

Proteomomfattande profilering för läkemedel mot målinriktad proteinnedbrytning (TPD).

Plattformens tekniska funktioner

Läkemedlet Proteolysis Targeting Chimeras (PROTAC) är en bifunktionell molekyl som kan binda till målproteinet och rekrytera ubiquitin E3-ligas för nedbrytning. Därför har nya modaliteter som PROTAC och molekylärt lim förmågan att oavsiktligt ändra mängden endogena proteiner, vilket ger en ny terapeutisk metod för proteinmål, särskilt de ohärdiga proteinerna. Att heltäckande kvantifiera överflödet av proteiner på och utanför målet har varit ett av standardexperimenten för forskning och utveckling av TPD-läkemedel.

Arbetsflöde

Plattformen följer ett strukturerat arbetsflöde, som börjar med cellysatextraktion, utför sedan proteasnedbrytning, isotopmärkning och slutar med masspektrometridetektion.

Fallstudie

Projektmål

Två PROTAC-molekyler designades och syntetiserades. Proteinerna på och utanför målet måste analyseras för jämförelse av selektivitet.

Experimentell metod

TMT-baserad kvantitativ MS-metod användes för proteomisk analys.

Totalt 5900 proteiner kvantifierades i tumörcellinjer och ON & OFF-mål identifierades för PROTAC1 och 2 molekyler (Orbitrap Exploris 480 masspektrometer, TMT10plex och dataanalys av PD 2.5)