Identifiering av proteinmål genom differentiell proteomik

Plattformens tekniska funktioner

Differentialproteomics studerar förändringar av proteomer under olika fysiologiska eller patologiska tillstånd, såsom läkemedelsbehandlingar eller genreglering, genom att jämföra två eller flera prover.Detta tillvägagångssätt belyser viktiga livsprocesser eller stora sjukdomar för att ta reda på de olika nyckelproteiner som betraktas som markörer för kvalitativ och funktionell analys.Tusentals proteiner kan identifieras kvantitativt med ChomiX-standardprotokollet inklusive proteomprovberedning, proteasspjälkning, peptidfraktionering, MS-datainsamling och bioinformatikanalys.

Serviceerbjudande

1. Kvantitativ och proteomomfattande analys av differentiella proteiner orsakade av sjukdomar, läkemedelsbehandlingar eller miljöstress etc.

2. Kvantitativ analys av proteom från subcellulära strukturer (cellmembran, kärnor, mitokondrier, etc.).

3. Upptäckt av biomarkörer i hela proteomskalan.

Proteomiska kvantifieringsmetoder

Etikettfri kvantifiering (LFQ)

Metod:

Proteinkvantifiering genom spektralräkning eller XIC-intensitet, kvantifiering på MS1-nivå

Fördelar:

ingen isotopmärkning, hög genomströmning

Exempelkrav:

Cell-, vävnads-, blodprover mm.

Stabil isotopmärkning genom reduktiv dimetylering (ReDi)

Teknologi:

Antingen vanliga (lätta) eller deutererade (tunga) former av formaldehyd och natriumcyanoborhydrid används för att lägga till två metylgrupper till peptid N-terminalen och sidokedjan av lysinrester.Kvantifiering på MS1-nivå

Fördelar:

duplex och triplex kemisk märkning, låg kostnad, snabb reaktionshastighet, hög reproducerbarhet, ingen begränsning av prover;

Exempelkrav:

Cell-, vävnads-, blodprover mm.

Stabil isotopmärkning av aminosyror i cellkultur (SILAC)

Teknologi:

Cellkultur i medium innehållande stabil isotopmärkning av essentiella aminosyror för proteomkvantifiering i olika prover;Kvantifiering på MS1-nivå

Fördelar:

duplex metabolisk märkning, mindre systemfel;

Exempelkrav:

levande cellprov.

Tandemmasstaggar (TMT/IBT)

Teknologi:

Relativ kvantifiering av peptidintensitet av dess reportergrupp i olika prover;Kvantifiering på MS2-nivå

Fördelar:

Upp till 16 provkvantifiering, exakt kvantifiering;

Exempelkrav:

Cell-, vävnads-, blodprover mm.

Figurförklaring

Projektmål

Jämförande analys av förändringar i hela proteomnivåer mellan den läkemedelsbehandlade gruppen och kontrollgruppen för att undersöka molekylära mekanismer som ligger bakom läkemedelsfenotypen.

Exempeltyper

Cellulära prover som utsätts för läkemedels- och kontrollbehandlingar, som var och en omfattar tre biologiska replikat.

Experimentell metod

Kvantitativ identifiering av differentiellt uttryckta proteiner på hela proteomnivån med hjälp av TMT-baserad multipel isotopmärkning proteomikmetodologi.

Datavisualisering

Vulkanplot för analys av proteinöverflöd

Som visas i vulkandiagrammet kvantifierades 5987 proteiner i totalt sex grupper.Förhållandet mellan varje protein analyserades genom t-testanalys som visade 560 proteiner uppreglerade och 363 proteiner nedreglerade i den läkemedelsbehandlade gruppen.Den relaterade intensitetsinformationen presenterades också i värmekartan.

Värmekarta över proteinöverflöd mellan kontroll- och experimentgrupp.

KEGG pathway och Gene Ontology (GO) analyser utfördes på de differentiellt uttryckta proteinerna, inklusive GOTERM-biologisk process, GOTERM-cellulär komponent och GOTERM-molekylär funktion.Genom att bedöma signifikansnivån för GOTERM-berikning identifierade vi funktionella kategorier och vägar som signifikant berikats av de differentiellt uttryckta proteinerna, och bidrog därmed till utforskningen av läkemedelsmolekylära mekanismer.

Genontologianalys av differentiella proteiner.

Genontologianalys, inklusive GOTERM_ Biologisk process, GOTERM_ Cellular komponent, GOTERM_ Molecular function och KEGG pathway, avslöjade att de uppreglerade proteinerna var signifikant berikade i nukleär kromosomsegregation, mitotisk systerkromatidsegregation och systerkromatidsegregering.

Tidigare: Konkurrenskraftig kemoproteomisk profilering av proteinmål för kovalenta småmolekylära läkemedel

Nästa: Kemoproteomisk profilering av proteinmål för icke-kovalenta småmolekylära läkemedel

Skriv ditt meddelande här och skicka det till oss