Mahsulotlar
Kovalent kichik molekulali dorilar uchun oqsil maqsadlarining raqobatbardosh kemoproteomik profilini aniqlash
Platformaning texnik xususiyatlari
Kovalent bo'lmagan dorilarga o'xshab, muxbir guruhlari bilan ishlaydigan kimyoviy zondlardan foydalangan holda to'g'ridan-to'g'ri tushirish strategiyasi kovalent kichik molekulali dorilar uchun ham muvaffaqiyatli namoyish etilgan. Ammo shuni ta'kidlash joizki, ba'zi kovalent dorilar bioaktivlikni yo'qotish yoki sintetik foydalanish mumkin emasligi sababli kimyoviy modifikatsiyalarga toqat qilmaydi. Bundan tashqari, hosil bo'lgan kovalent aloqa odatda MSni aniqlashda beqaror.
Raqobatbardosh kemoproteomik strategiya ideal alternativ bo'lib, u oqsillarni etiketlash uchun universal faoliyatga asoslangan zonddan foydalanadi. Sistein, lizin, serin va histidin qoldiqlari bilan reaksiyaga kirishish uchun maxsus kimyoviy problar ishlab chiqilgan. Aslida, kovalent kichik molekula tomonidan ishg'ol qilinganidan so'ng, aminokislota qoldig'i prob tomonidan belgilanishi mumkin emas. Natijada, ON va OFF-maqsadlari aminokislotalarning o'lchamlari bilan ushbu raqobat strategiyasi bilan har tomonlama aniqlanishi mumkin edi.
Ish jarayoni
Platforma kovalent molekulalar bilan tirik hujayra yorlig'i bilan boshlangan tizimli ish jarayonini kuzatib boradi, undan so'ng etiketli proteomni ekstraktsiya qilish, kimyoviy zondni etiketlash, bioortogonal ligatsiya, streptavidin asosida boyitish, proteazni hazm qilish, izotopik yorliqlash va yakuniy massa spektrometriyasini aniqlash kiradi.
Case Study
Loyiha maqsadi
Amgen tomonidan ishlab chiqilgan AMG510 o'smalardagi KRAS-G12C mutatsiyasiga qaratilgan birinchi tasdiqlangan dori hisoblanadi. Loyihaning maqsadi KRAS-G12C mutatsiyasiga ega NCI-H358 hujayralarida AMG510 ning yoqish va o'chirish maqsadlarini profillash edi.
Eksperimental usul
ChomiX-ning asosiy texnologiya platformalaridan biri bo'lgan DIA-ABPP proteom darajasida maqsadli bandlikni tahlil qilish uchun ishlatilgan.
Ma'lumotlarni vizualizatsiya qilish
NCI-H358 hujayralarida 5768 oqsildan jami 16992 Cys saytlari miqdori aniqlandi. KRAS_C12 saytining maqsadli bandligi 1 mkM AMG510 bilan ishlov berilganda 100% ga yaqin ediin situ, boshqa sayt esa KRAS_C80 ta'sir qilmagan. Ushbu ma'lumotlar AMG510 ning yuqori maqsadli o'ziga xosligini ko'rsatdi. (Yerli Cys qoldiqlari * bilan ko'rsatilgan)
