Kovalent bo'lmagan kichik molekula preparatlari uchun protein maqsadlarini kemoproteomik profillash

Kovalent bo'lmagan kichik molekula preparatlari uchun protein maqsadlarining kemoproteomik profilini aniqlash

Platformaning texnik xususiyatlari

Dori-darmonlarni tadqiq qilish sohasida kichik molekulali dorilar muhim rol o'ynaydi.Hozirgi FDA tomonidan tasdiqlangan dorilar jami 812 ta turli xil inson oqsillariga mo'ljallangan.Yuqorida qayd etilgan maqsadlarga qarshi qaratilgan dori vositalarining 84 foizini kichik molekulali preparatlar tashkil etadi.Bundan tashqari, ushbu oqsillarning atigi 639 tasi kichik molekulali dorilar bilan nishonlangan.Kichik molekulali dori va oqsil maqsadi o'rtasidagi o'zaro ta'sir kovalent bo'lmagan va kovalent rejimlarni o'z ichiga oladi va birinchisi hozirda dominant hisoblanadi.

Kovalent bo'lmagan o'zaro ta'sirlar, masalan, vodorod aloqalari va p-p stacking, oqsil denaturatsiyasi tufayli buzilishi mumkin.Ushbu muammoni hal qilish uchun bizning platformamiz oqsilning faol joyiga "kimyoviy teglar" ni aniq yopishtirish uchun yaxshi o'rnatilgan usul bo'lgan fotoaffinity yorlig'idan foydalanadi.Bundan tashqari, bizning in situ kimyoviy o'zaro bog'lanish strategiyamiz vaqtinchalik kovalent bo'lmagan oqsil o'zaro ta'sirini kovalent va doimiy kimyoviy aloqalarga aylantiradi.Fotoaffinlik va bioortogonal qismlar bilan ishlaydigan kimyoviy zonddan foydalangan holda, ChomiX ning kimyoproteomik platformasi hujayra lizatlari, to'qimalari va tirik hujayralardagi oqsil maqsadlarini muvaffaqiyatli aniqlashda o'zining samaradorligini ko'rsatdi.Platformada qo'llaniladigan bioaktiv kichik molekulali dorilar spektri endogen metabolitlar, tabiiy mahsulotlar va kovalent bo'lmagan sintetik molekulalarni o'z ichiga olgan turli xil birikmalarni o'z ichiga oladi.

Ish jarayoni

Platforma kovalent bo'lmagan molekulalardan olingan fotoaffinlik zondi yordamida tirik hujayralarni etiketlashdan boshlab tuzilgan ish oqimini kuzatib boradi.Keyingi qadamlar yorliqli proteomalarni olish, bioortogonal bog'lash, streptavidin asosida boyitish, proteazni hazm qilish, izotopik etiketlash va nihoyat, massa spektrometriyasini aniqlashni o'z ichiga oladi.

Case Study

Loyiha maqsadi

A birikmasi hujayra hayotiyligini tahlil qilishda yaxshi antiproliferatsiya faolligini ko'rsatdi.Protein maqsadlarini tavsiflash uchun kemoproteomik platforma ishlatilgan.

Eksperimental usul

Fotoaffinlik kimyoviy probi, Probe A, A birikmasining SAR ma'lumotlari asosida ishlab chiqilgan va sintez qilingan. A probi ham o'simta hujayralari chizig'ida xuddi shunday anti-proliferatsiya faolligini ko'rsatdi.Jel va MS asosidagi tajribalar o'tkazildi.MOA ni aniqlash uchun MS ma'lumotlari tahlil qilindi.

Ma'lumotlarni vizualizatsiya qilish

Jel asosidagi floresans natijalari shuni ko'rsatdiki, A probi oqsillarni samarali tarzda belgilashi mumkin va yorliqlash signali A birikmasi bilan sezilarli darajada raqobatlasha oladi. Birgalikda bu ma'lumotlar shuni ko'rsatdiki, A probi keyingi maqsadni aniqlash uchun kimyoviy zond vositasi sifatida ishlatilishi mumkin edi. u A birikmasi bilan bir xil oqsillarni bog'lashi mumkin.

Vulqon syujeti shuni ko'rsatdiki, 114 ta oqsil (qizil rang) probe A va DMSO (to'g'ridan-to'g'ri) guruhida A probi tomonidan sezilarli darajada boyitilgan va 38 ta oqsil (qizil rang) A probe va (A + probe A) da A birikmasi bilan sezilarli darajada raqobatlashgan. ) (Raqobat) guruhi.Venn diagrammalari shuni ko'rsatdiki, 32 ta bir-biriga o'xshash oqsillar yuqori ishonchlilik bilan potentsial birikma A-bog'lanish maqsadlari bo'lishi mumkin.（n = 3, nisbat ≥2,p-qiymati ≤ 0,05）

Oldingi: Protein differensial proteomika yordamida identifikatsiyani maqsad qiladi

Keyingisi: Maqsadli oqsil degradatsiyasi (TPD) preparatlari uchun proteom-keng profiling

Xabaringizni shu yerga yozing va bizga yuboring