Texnik ma'lumot
Kimyoviy proteomik texnologiya o'zgarish mayoqchasi sifatida paydo bo'lib, dori-darmonlarni tozalangan oqsillardan uzoqroqqa va tirik hujayralar sohasiga yo'naltiradi.
Kimyoviy proteomik texnologiya tirik hujayralardagi kichik molekula-oqsil o'zaro ta'sirini o'rganish bilan tavsiflangan mustahkam dori kashfiyot platformasi bo'lib xizmat qiladi. Bizning kovalent dori kashfiyot platformalarimizdan biri sistein qoldiqlarining tiol guruhi bilan kovalent reaktsiyalar orqali oqsil nishonlarini jalb qiluvchi kovalent bog'lovchilarni aniqlash uchun mo'ljallangan. An'anaviy yagona maqsadli skrining strategiyalaridan farqli o'laroq, kimyoviy proteomika platformasi aminokislotalar qoldig'i bilan tirik hujayralardagi elektrofil fragmentlar va deyarli barcha oqsillar o'rtasidagi o'zaro ta'sirlarni miqdoriy tahlil qilish imkonini beradi. U 10 000 dan ortiq oqsillarni qamrab oladi～ 40 000 sistein joylari (potentsial dori bilan bog'lanish joylari) sutemizuvchilarning bir nechta hujayra chizig'idan.
Ish jarayoni
DIA-ABPP (Data-Independent Acquisition-Activity-Based Protein Profiling) patentiga asoslangan oqsillarni bog'lash joylari* yo'naltirilgan kovalent birikmalarni aniqlash bo'yicha ish jarayoni (Kovalent bog'lanish joyi kimyoviy zondlar bilan belgilanishi mumkin bo'lgan aminokislotadir, bu bilan qarzdorlikni ta'minlaydi)
Texnik afzalliklari
Xususiyat 1
Sisteinga mo'ljallangan kovalent kutubxona
Sisteinga mo'ljallangan kovalent kutubxonada akrilamidlar va xloroasetamidlar kabi engil elektrofil "janglar" mavjud. "Dori-darmonga o'xshash" kutubxonada ~ 3000 ta birikma mavjud bo'lib, ularning 80% dan ortig'i 300-500 Da molekulyar og'irligini ko'rsatadi. Ko'pgina birikmalar uchun Tanimoto o'xshashlik indeksi har ikki a'zo uchun 0,3 atrofida bo'lib, yuqori xilma-xillikni ko'rsatadi.
Xususiyat 2
Protein maqsadikutubxona
Hozirgi vaqtda tiolga xos kimyoviy zond tomonidan olingan oqsil maqsadlari kutubxonasi 12421 oqsildan, jumladan kinaz, fosfataza, ligazalar va transkripsiya omillaridan 39962 ta sistein joylarini qamrab oladi.
Case Study
DCAF1 ikkita alohida E3 ligazalari (CRL4DCAF1 va EDVP) uchun substrat retseptorlari bo'lib xizmat qiladi va oqsil parchalanishida hal qiluvchi fiziologik rol o'ynaydi. DCAF1 ning WDR domenini yo'naltiruvchi bir nechta kovalent va nokovalent bog'lovchilar maqsadli degradatsiya dasturlarini qo'llab-quvvatlash uchun ishlab chiqilgan (Stereoselectively and Speccifically Enage DCAF1. J. Am. Chem. Soc. 2022, 144, 148, 148, 148 -18699. Klinik jihatdan tasdiqlangan maqsadlarga qarshi faollik bilan DCAF1-ga asoslangan va orttirilgan degradatsiyaga qarshi kurash.
Biz birinchi marta Mol-380 DCAF1_C69 bilan kovalent aloqada ekanligini aniqladik va uni WDR domenidan alohida TPD ilovalari uchun potentsial dori vositasi sifatida ta'kidladik. Bizning topilmalarimiz ChomiX avtomatlashtirilgan kimyoviy proteomik platformasining tirik hujayralardagi chidamli maqsadlar uchun yangi ligandlarni, jumladan transkripsiya omillari va membrana oqsillarini topishdagi muhim ahamiyatini ta'kidlab, uning dori vositalarini ishlab chiqish va funktsional tadqiqotlarga potentsial ta'sirini ta'kidlaydi.
Strukturaviy ravishda, C69 ning bog'lanish joyi WD40 domenidagi tasdiqlangan cho'ntagiga qo'shni bo'lib, kompleks modelda ko'rsatilganidek, PROTAC-larni ishlab chiqish uchun yangi saytni taklif qiladi.