Kovalent bo'lmagan dorilarga o'xshab, muxbir guruhlari bilan ishlaydigan kimyoviy zondlardan foydalangan holda to'g'ridan-to'g'ri tushirish strategiyasi kovalent kichik molekulali dorilar uchun ham muvaffaqiyatli namoyish etilgan.Ammo shuni ta'kidlash joizki, ba'zi kovalent dorilar bioaktivlikni yo'qotish yoki sintetik foydalanish mumkin emasligi sababli kimyoviy modifikatsiyalarga toqat qilmaydi.Bundan tashqari, hosil bo'lgan kovalent aloqa odatda MSni aniqlashda beqaror bo'ladi.
Raqobatbardosh kemoproteomik strategiya ideal alternativ bo'lib, u oqsillarni etiketlash uchun universal faoliyatga asoslangan zonddan foydalanadi.Sistein, lizin, serin va histidin qoldiqlari bilan reaksiyaga kirishish uchun maxsus kimyoviy zondlar ishlab chiqilgan.Aslida, kovalent kichik molekula tomonidan ishg'ol qilinganidan so'ng, aminokislota qoldig'i prob tomonidan belgilanishi mumkin emas.Natijada, ON va OFF-maqsadlari aminokislotalarning o'lchamlari bilan ushbu raqobat strategiyasi bilan har tomonlama aniqlanishi mumkin edi.