Dori AR-GE uchun kichik molekulali dorilar va ularning oqsil maqsadlari o'rtasidagi bog'lanish rejimini aniqlash juda muhimdir. Ushbu o'zaro ta'sirlarni strukturaviy va fizik-kimyoviy darajada har tomonlama tahlil qilish oqsil funktsiyalari haqidagi tushunchamizni sezilarli darajada chuqurlashtirishi va dori dizayni va optimallashtirishni osonlashtirishi mumkin. Strukturaviy biologiya usullari, jumladan, rentgen nurlari, krioelektron mikroskopiya (krio-EM), yadro magnit-rezonansi (YMR) va boshqalar dori-darmonlarni bog'lash usullarini aniqlashda keng qo'llanilgan. Protein-dori komplekslarining yuqori aniqlikdagi tuzilmalari dastlabki bosqichda dori tuzilmalarini optimallashtirishga katta foyda keltirishi mumkin. Shu bilan birga, oqsil strukturasini tahlil qilish, ayniqsa, G-protein bilan bog'langan retseptorlari (GPCR) va ion kanali oqsillari kabi membrana oqsili maqsadlari uchun hayot haqidagi tadqiqotlarda doimiy ravishda qiyinchiliklar tug'dirdi. Bu ko'pincha oqsillarni tozalash, oqsil-dori kompleksining kristallanishini tekshirish, ma'lumotlarni yig'ish va qayta ishlash kabi jarayonlarga katta vaqt va resurslarni sarflaydi.
Ideal yondashuv tirik hujayralardagi oqsil va dori vositalarining o'zaro ta'sir qilish usullarini aniqlashdir. Ushbu yondashuv nafaqat strukturaviy tadqiqotlar bilan bog'liq yuqori xarajatlarni oldini oladi, balki yuqori tuzli tamponlar yoki to'yingan dorilar kabi sun'iy sharoitlar natijasida yuzaga kelishi mumkin bo'lgan noto'g'ri pozitivlarni ham yo'q qiladi.
ChomiX kovalent bo'lmagan kichik molekulali dorilardan olingan fotoaffinlik kimyoviy problarini qo'llaydi, bu tirik hujayralarning bog'lovchi cho'ntaklarida joylashgan etiketli peptidlarni ushlash va keyinchalik massa spektrometri orqali aniqlash imkonini beradi. Peptidlar ketma-ketligi va belgilangan joylar aniqlangandan so'ng, molekulyar o'rnatish yordamida aniq bog'lanish rejimini tezda olish mumkin.
B preparatining taxminiy maqsadi ko'plab dori-darmonlarni bog'lash cho'ntaklariga ega bo'lgan transmembran oqsilidir. Rentgen va kriyo-EM kabi tizimli biologik usullar muvaffaqiyatsizlikka uchradi. Kemoproteomik strategiya tirik hujayralardagi bog'lanish rejimini olishga harakat qilinadi.
Foto-o'zaro bog'lanish va bioortogonal qismlarni o'z ichiga olgan fotoaffinity probe B ishlab chiqilgan va sintez qilingan. B preparatining maqsadli ulanishi birinchi navbatda tasdiqlandi va bog'lovchi cho'ntagida joylashgan etiketli peptid MS tomonidan ketma-ketlashtirildi.
Immunoblot va MS asosidagi kimyoproteomik ma'lumotlar dori nomzodi zond bilan belgilangan signal uchun samarali raqobatlasha olishini aniqladi, bu dori nomzodining tirik hujayralardagi maqsadli oqsil bilan bevosita bog'lanishini ko'rsatadi.
Dori modifikatsiyasi peptidlari uchun MS/MS spektri: CLPFIIGCNPTILH*VHELYIR
MS asosidagi kimyoproteomik ma'lumotlarga va molekulyar o'rnatishga asoslangan dori-darmonlarni bog'lash rejimi