Protein differensial proteomika yordamida identifikatsiyani maqsad qiladi

Differensial proteomika orqali oqsil maqsadlarini aniqlash

Platformaning texnik xususiyatlari

Differentsial proteomika ikki yoki undan ortiq namunalarni solishtirish orqali proteomaning turli fiziologik yoki patologik holatlardagi o'zgarishlarini, masalan, dori vositalarini davolash yoki genlarni tartibga solishni o'rganadi.Ushbu yondashuv muhim hayotiy jarayonlar yoki asosiy kasalliklarni sifatli va funktsional tahlil qilish uchun marker sifatida qaraladigan asosiy turli xil oqsillarni aniqlash uchun yoritadi.ChomiX standart protokoli yordamida minglab oqsillarni miqdoriy jihatdan aniqlash mumkin, shu jumladan proteoma namunasini tayyorlash, proteazni hazm qilish, peptid fraksiyasi, MS ma'lumotlarini yig'ish va bioinformatika tahlili.

Xizmat taklifi

1. Kasalliklar, dori-darmonlarni davolash yoki atrof-muhit ta'siridan kelib chiqqan differensial oqsillarni miqdoriy va proteom miqyosida tahlil qilish.

2. Hujayra osti tuzilmalaridan (hujayra membranalari, yadrolar, mitoxondriyalar va boshqalar) proteomaning miqdoriy tahlili.

3. Butun proteom shkalasida biomarkerlarning ochilishi.

Proteomik miqdorni aniqlash usullari

Yorliqsiz miqdorni aniqlash (LFQ)

Texnika:

Spektral hisob yoki XIC intensivligi bo'yicha oqsil miqdorini aniqlash, MS1 darajasidagi miqdorni aniqlash

Afzalliklari:

izotop belgilari yo'q, yuqori o'tkazuvchanlik

Namuna talablari:

Hujayra, to'qima, qon namunalari va boshqalar.

Reduktiv dimetilatsiya (ReDi) orqali barqaror izotop yorlig'i

Texnologiya:

Formaldegid va natriy siyanoborogidridning oddiy (engil) yoki deyterlangan (og'ir) shakllari peptid N terminaliga va lizin qoldiqlarining yon zanjiriga ikkita metil guruhini qo'shish uchun ishlatiladi.MS1-darajali miqdorni aniqlash

Afzalliklari:

dupleks va tripleks kimyoviy etiketlash, arzon narxlardagi, tez reaktsiya tezligi, yuqori takrorlanishi, namunalar cheklanmagan;

Namuna talablari:

Hujayra, to'qima, qon namunalari va boshqalar.

Hujayra madaniyatida aminokislotalar tomonidan barqaror izotop yorlig'i (SILAC)

Texnologiya:

Turli namunalarda proteom miqdorini aniqlash uchun muhim aminokislotalarning barqaror izotoplarini o'z ichiga olgan muhitda hujayra madaniyati;MS1-darajali miqdorni aniqlash

Afzalliklari:

dupleks metabolik etiketlash, kamroq tizim xatosi;

Namuna talablari:

tirik hujayra namunalari.

Tandem massa teglari (TMT/IBT)

Texnologiya:

Turli namunalardagi muxbirlar guruhi tomonidan peptid intensivligini nisbiy miqdoriy aniqlash;MS2-darajali miqdorni aniqlash

Afzalliklari:

16 tagacha namunalar miqdorini aniqlash, aniq miqdorni aniqlash;

Namuna talablari:

Hujayra, to'qima, qon namunalari va boshqalar.

Tasvir afsonasi

Loyiha maqsadi

Dori-darmonlarni qabul qilgan guruh va nazorat guruhi o'rtasida butun proteoma darajasidagi o'zgarishlarni qiyosiy tahlil qilish, dori fenotipi asosidagi molekulyar mexanizmlarni o'rganish.

Namuna turlari

Har biri uchta biologik replikatsiyadan iborat bo'lgan uyali namunalar dori va nazorat muolajalaridan o'tgan.

Eksperimental usul

TMT asosidagi ko'p izotopli yorliqlash proteomikasi metodologiyasidan foydalangan holda butun proteom darajasida differentsial tarzda ifodalangan oqsillarni miqdoriy identifikatsiya qilish.

Ma'lumotlarni vizualizatsiya qilish

Protein ko'pligini tahlil qilish uchun vulqon uchastkasi

Vulqon uchastkasida ko'rsatilgandek, jami oltita guruhda 5987 ta oqsil miqdori aniqlangan.Har bir oqsilning nisbati t-test tahlili orqali tahlil qilindi, bu dori bilan davolash qilingan guruhda 560 ta oqsilni ko'tarilgan va 363 ta oqsilni pastga tushirgan.Tegishli intensivlik ma'lumotlari issiqlik xaritasida ham taqdim etilgan.

Nazorat va eksperimental guruh o'rtasida oqsil ko'pligining issiqlik xaritasi.

KEGG yo'li va Gen Ontologiyasi (GO) tahlillari differentsial ravishda ifodalangan oqsillar, jumladan GOTERM-biologik jarayon, GOTERM-hujayra komponenti va GOTERM-molekulyar funktsiyada o'tkazildi.GOTERMni boyitishning ahamiyatlilik darajasini baholash orqali biz differentsial ravishda ifodalangan oqsillar tomonidan sezilarli darajada boyitilgan funktsional toifalar va yo'llarni aniqladik va shu bilan dori molekulyar mexanizmlarini o'rganishga hissa qo'shdik.

Differensial oqsillarni gen ontologiyasi tahlili.

Gen ontologiyasi tahlili, shu jumladan GOTERM_ Biologik jarayon, GOTERM_ Hujayra komponenti, GOTERM_ Molekulyar funksiya va KEGG yoʻli, yuqori tartibga solingan oqsillar yadro xromosomalari segregatsiyasi, mitotik opa-singil xromatidlar segregatsiyasi va singlisi xromatidlar ajratish signalizatsiya yoʻlida sezilarli darajada boyitilganligini koʻrsatdi.

Oldingi: Kovalent kichik molekulali dorilar uchun protein maqsadlarini raqobatbardosh kemoproteomik profillash

Keyingisi: Kovalent bo'lmagan kichik molekula preparatlari uchun protein maqsadlarini kemoproteomik profillash

Xabaringizni shu yerga yozing va bizga yuboring