產品
非共價小分子藥物蛋白質標靶的化學蛋白質體學分析
平台技術特點
小分子藥物在藥物研發領域扮演重要角色。目前 FDA 核准的藥物總共針對 812 種不同的人類蛋白質。針對上述標靶的藥物中，84%是小分子藥物。此外，這些蛋白質中只有 639 種已被小分子藥物標靶。小分子藥物與蛋白質標靶的相互作用包括非共價和共價方式，目前前者占主導地位。
非共價相互作用，例如氫鍵和 π-π 堆積，可能會因蛋白質變性而被破壞。為了應對這項挑戰，我們的平台採用了光親和標記，這是一種成熟的技術，可將「化學標記」精確地附著到蛋白質的活性位點上。此外，我們創新的原位化學交聯策略將瞬時非共價蛋白質相互作用轉化為共價和永久化學鍵。透過利用光親和和生物正交部分功能化的化學探針，ChomiX 的化學蛋白質組學平台已證明其在成功捕獲細胞裂解物、組織和活細胞內蛋白質靶點方面的有效性。此平台應用的生物活性小分子藥物涵蓋多種化合物，包括內源性代謝物、天然產物和非共價合成分子。
工作流程
該平台遵循結構化的工作流程，首先使用源自非共價分子的光親和探針標記活細胞。後續步驟包括標記蛋白質組的萃取、生物正交連接、基於鏈黴親和素的富集、蛋白酶消化、同位素標記，最後是質譜檢測。
案例分析
專案目標
化合物A在細胞活力測定中表現出良好的抗增殖活性。化學蛋白質體學平台用於表徵蛋白質標靶。
實驗方法
光親和化學探針探針A是根據化合物A的SAR數據設計合成的。探針A在腫瘤細胞系中也表現出類似的抗增殖活性。進行了基於凝膠和質譜的實驗。分析 MS 數據以闡明 MOA。
數據視覺化
凝膠螢光結果表明探針 A 可以有效地標記蛋白質，並且標記訊號可以與化合物 A 顯著競爭。總的來說，這些數據表明探針 A 能夠用作後續目標發現的化學探針工具。它可以結合與化合物A 相同的蛋白質。
火山圖顯示，在探針A 與DMSO（直接）組中，探針A 顯著富集了114 個蛋白質（紅色突出顯示），在探針A 與（A+探針A）組中，化合物A 顯著競爭了38 個蛋白質（紅色突出顯示）。 ）（競賽）組。維恩圖顯示 32 個重疊蛋白質可能是潛在的化合物 A 結合靶標，可信度較高。（n = 3，比率≥2，p 值 ≤ 0.05）
