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蛋白質定性定量分析作為現代生物醫學研究的核心技術，在質譜技術快速發展的支持下，已經實現了蛋白質的精確鑑定和定量。此技術對於揭示生命現象奧秘、探索疾病機制、發現生物標記等方面發揮著舉足輕重的作用。目前，它廣泛應用於各個領域：

生物機制探索：蛋白質定性分析準確識別樣本中特定蛋白質的存在和身份，從而揭示細胞、組織或器官中的蛋白質組成，加深對生命過程中分子基礎的理解，如信號轉導機制、代謝調控等網絡和細胞週期調節。

疾病診斷與治療：蛋白質表現水準異常往往與多種疾病的發生和發展有關。透過對腦脊髓液、血液或其他體液中的蛋白質進行定性和定量分析，科學家可以發現並驗證用於早期疾病診斷、預後評估和治療監測的潛在生物標記。