產品
透過差異蛋白質體學鑑定蛋白質標靶
平台技術特點
差異蛋白質體學透過比較兩個或多個樣本來研究蛋白質組在不同生理或病理狀態下的變化，例如藥物治療或基因調控。這種方法揭示了重要的生命過程或主要疾病，以便找出被視為定性和功能分析標記的關鍵不同蛋白質。使用 ChomiX 標準方案可以定量鑑定數千種蛋白質，包括蛋白質體樣品製備、蛋白酶消化、勝肽分級分離、MS 數據收集和生物資訊分析。
服務提供
1. 對疾病、藥物治療或環境壓力等引起的差異蛋白進行定量和全蛋白質體分析。
2.亞細胞結構（細胞膜、細胞核、粒線體等）蛋白質體的定量分析。
3. 在整個蛋白質體範圍內發現生物標記。
蛋白質體定量方法
無標記定量 (LFQ)
技術：
透過光譜計數或 XIC 強度進行蛋白質定量，MS1 級定量
優點：
無同位素標記，高通量
樣品要求：
細胞、組織、血液樣本等
還原二甲基化 (ReDi) 穩定同位素標記
技術：
使用常規（輕）或氘化（重）形式的甲醛和氰基硼氫化鈉將兩個甲基添加到勝肽 N 端和離胺酸殘基的側鏈上。MS1級定量
優點：
雙、三重化學標記，成本低，反應速度快，重現性高，樣品不受限制；
樣品要求：
細胞、組織、血液樣本等
細胞培養中胺基酸的穩定同位素標記 (SILAC)
技術：
在含有穩定同位素標記必需胺基酸的培養基中進行細胞培養，用於不同樣本中蛋白質體的定量；MS1級定量
優點：
雙聯代謝標記，系統誤差小；
樣品要求：
活細胞樣本。
串聯品質標籤 (TMT/IBT)
技術：
不同樣品中報告基團對勝肽強度的相對定量；MS2級定量
優點：
多達16個樣品定量，定量準確；
樣品要求：
細胞、組織、血液樣本等
圖例
專案目標
比較分析藥物治療組和對照組之間整個蛋白質組水平的變化，以研究藥物表型背後的分子機制。
樣品類型
接受藥物和對照處理的細胞樣本，每個樣本包含三個生物複製。
實驗方法
使用基於TMT的多同位素標記蛋白質體學方法在整個蛋白質組層級上定量鑑定差異表達蛋白質。
數據視覺化
用於蛋白質豐度分析的火山圖
如火山圖所示，共對六組 5987 個蛋白質進行了定量。以 t 檢定分析每種蛋白質的比例，顯示藥物治療組有 560 個蛋白質上調，363 個蛋白質下調。相關的強度資訊也顯示在熱圖中。
- 對照組和實驗組之間蛋白質豐度的熱圖。
對差異表達蛋白進行KEGG通路和基因本體（GO）分析，包括GOTERM-生物過程、GOTERM-細胞組成和GOTERM-分子功能。透過評估GOTERM富集的顯著性水平，我們確定了差異表達蛋白顯著富集的功能類別和通路，從而有助於探索藥物分子機制。
- 差異蛋白的基因本體分析。
Gene Ontology分析包括GOTERM_生物過程、GOTERM_細胞成分、GOTERM_分子功能和KEGG通路，結果顯示上調的蛋白在核染色體分離、有絲分裂姐妹染色單體分離和姐妹染色單體分離信號通路中顯著富集。
