产品
非共价小分子药物蛋白质靶标的化学蛋白质组学分析
平台技术特点
小分子药物在药物研发领域发挥着重要作用。目前 FDA 批准的药物总共针对 812 种不同的人类蛋白质。针对上述靶点的药物中，84%是小分子药物。此外，这些蛋白质中只有 639 种已被小分子药物靶向。小分子药物与蛋白质靶点的相互作用包括非共价和共价方式，目前前者占主导地位。
非共价相互作用，例如氢键和 π-π 堆积，可能会因蛋白质变性而被破坏。为了应对这一挑战，我们的平台采用了光亲和标记，这是一种成熟的技术，可将“化学标记”精确地附着到蛋白质的活性位点上。此外，我们创新的原位化学交联策略将瞬时非共价蛋白质相互作用转化为共价和永久化学键。通过利用光亲和和生物正交部分功能化的化学探针，ChomiX 的化学蛋白质组学平台已证明其在成功捕获细胞裂解物、组织和活细胞内蛋白质靶点方面的有效性。该平台应用的生物活性小分子药物涵盖多种化合物，包括内源代谢物、天然产物和非共价合成分子。
工作流程
该平台遵循结构化的工作流程，首先使用源自非共价分子的光亲和探针标记活细胞。后续步骤包括标记蛋白质组的提取、生物正交连接、基于链霉亲和素的富集、蛋白酶消化、同位素标记，最后是质谱检测。
案例研究
项目目标
化合物A在细胞活力测定中表现出良好的抗增殖活性。化学蛋白质组学平台用于表征蛋白质靶标。
实验方法
光亲和化学探针探针A是根据化合物A的SAR数据设计合成的。探针A在肿瘤细胞系中也表现出类似的抗增殖活性。进行了基于凝胶和 MS 的实验。分析 MS 数据以阐明 MOA。
数据可视化
凝胶荧光结果表明探针 A 可以有效地标记蛋白质，并且标记信号可以与化合物 A 显着竞争。总的来说，这些数据表明探针 A 能够用作后续目标发现的化学探针工具。它可以结合与化合物 A 相同的蛋白质。
火山图显示，在探针 A 与 DMSO（直接）组中，探针 A 显着富集了 114 个蛋白质（红色突出显示），在探针 A 与（A+探针 A）组中，化合物 A 显着竞争了 38 个蛋白质（红色突出显示）。 ）（竞赛）组。维恩图显示 32 个重叠蛋白质可能是潜在的化合物 A 结合靶标，且可信度较高。（n = 3，比率≥2，p 值 ≤ 0.05）
