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通过差异蛋白质组学鉴定蛋白质靶标
平台技术特点
差异蛋白质组学通过比较两个或多个样本来研究蛋白质组在不同生理或病理状态下的变化，例如药物治疗或基因调控。这种方法揭示了重要的生命过程或主要疾病，以便找出被视为定性和功能分析标记的关键不同蛋白质。使用 ChomiX 标准方案可以定量鉴定数千种蛋白质，包括蛋白质组样品制备、蛋白酶消化、肽分级分离、MS 数据采集和生物信息学分析。
服务提供
1. 对疾病、药物治疗或环境应激等引起的差异蛋白进行定量和全蛋白质组分析。
2.亚细胞结构（细胞膜、细胞核、线粒体等）蛋白质组的定量分析。
3. 在整个蛋白质组范围内发现生物标志物。
蛋白质组定量方法
无标记定量 (LFQ)
技术：
通过光谱计数或 XIC 强度进行蛋白质定量，MS1 级定量
优点：
无同位素标记，高通量
样品要求：
细胞、组织、血液样本等
还原二甲基化 (ReDi) 稳定同位素标记
技术：
使用常规（轻）或氘化（重）形式的甲醛和氰基硼氢化钠将两个甲基添加到肽 N 末端和赖氨酸残基的侧链上。 MS1级定量
优点：
双、三重化学标记，成本低，反应速度快，重现性高，样品不受限制；
样品要求：
细胞、组织、血液样本等
细胞培养中氨基酸的稳定同位素标记 (SILAC)
技术：
在含有稳定同位素标记必需氨基酸的培养基中进行细胞培养，用于不同样品中蛋白质组的定量； MS1级定量
优点：
双联代谢标记，系统误差小；
样品要求：
活细胞样本。
串联质量标签 (TMT/IBT)
技术：
不同样品中报告基团对肽强度的相对定量； MS2级定量
优点：
多达16个样品定量，定量准确；
样品要求：
细胞、组织、血液样本等
图例
项目目标
比较分析药物治疗组和对照组之间整个蛋白质组水平的变化，以研究药物表型背后的分子机制。
样品类型
接受药物和对照处理的细胞样本，每个样本包含三个生物复制品。
实验方法
使用基于TMT的多同位素标记蛋白质组学方法在整个蛋白质组水平上定量鉴定差异表达蛋白质。
数据可视化
用于蛋白质丰度分析的火山图
如火山图所示，共对六组 5987 个蛋白质进行了定量。通过 t 检验分析每种蛋白质的比例，显示药物治疗组中有 560 个蛋白质上调，363 个蛋白质下调。相关的强度信息也显示在热图中。
- 对照组和实验组之间蛋白质丰度的热图。
对差异表达蛋白进行KEGG通路和基因本体（GO）分析，包括GOTERM-生物过程、GOTERM-细胞成分和GOTERM-分子功能。通过评估GOTERM富集的显着性水平，我们确定了差异表达蛋白显着富集的功能类别和通路，从而有助于探索药物分子机制。
- 差异蛋白的基因本体分析。
Gene Ontology分析包括GOTERM_生物过程、GOTERM_细胞成分、GOTERM_分子功能和KEGG通路，结果显示上调的蛋白在核染色体分离、有丝分裂姐妹染色单体分离和姐妹染色单体分离信号通路中显着富集。
